李克用接到长安消息，知道李茂贞竟敢兵入京城，韩建逼迫昭宗车驾去了华州不禁大怒。决定出兵惩罚二个大胆逆贼。他约会幽州刘仁恭、成德节度使王镕、义武节度使王郜出兵共定关中，奉天子回朝。其它二位节度使都答应出兵，只有刘仁恭借口契丹入寇，不肯派兵。李克用多次派使者催促，刘仁恭置之不理。李克用亲自写信责备刘仁恭，刘仁恭却把李克用的亲笔信摔在地下，囚禁了使者，还下令要杀李克用派来军中帮他守幽州的河东将官。河东将官逃回才得以幸免。
李克用一只怪眼圆睁，冲冲大怒。想当时是我李克用打下幽州委派你为卢龙留后镇守幽州的。没有我李克用那有你刘仁恭的今天，现在叫你派些人马助我平定关中，你竟敢和我翻脸，我李克用先不打李茂贞、韩建，先打你这忘恩负义的东西吧！
公元897年八月，李克用点齐兵马，亲自带领去攻打幽州刘仁恭。
九月，李克用带兵到了安塞，开始攻击幽州地界。李克用对刘仁恭的作战能力估计不足，他认为只要他到了卢龙，刘仁恭就会前来见他，赔礼道歉，怎么还敢和他兵戎相见呢？没想到的是刘仁恭手下也有几个能打的将军。
这一日李克用正在帐中饮酒，忽听小校来报：“贼兵来了。”李克用这时已经喝醉了就问：“刘仁恭何在？”小校回答：“不是刘仁恭，是他手下大将单可及。”李克用瞪圆了一只眼，说道：“可及辈何足为敌！”立即命令出击。当日天下大雾，对面看不清人物。李克用兵马一出，单可及即引兵后退。李克用下令追击，追到一处叫木瓜涧的地方，忽然伏兵四起，河东兵大败，失亡大半。原来刘仁恭派手下大将杨师侃埋伏在此处，利用地形杀败了李克用，李克用只好退回河东。
刘仁恭是一个十足的两面派，他一面上表给昭宗李晔说：“李克用无故兴兵讨伐我，我已经在木瓜j涧打败了李克用。希望朝廷下诏以我为统帅征讨李克用。”他还给朱温写信想得到汴军的支持，朱温果然上表推荐刘仁恭为同平章事。刘仁恭怕李克用报复，又派使者去向李克用道歉，说明这次两军交战心中很不自安。李克用回书骂道：“你这样反复无常，谁还会信任你，你又敢信任别人吗？我估计你的亲骨肉都会造你的反，你对天盟誓的漂亮话没人相信。”
公元897年，对昭宗李晔来说真是多事之年，他移驾华州以来备受韩建和李茂贞的欺负。西川节度使王建派兵攻打东川顾彦晖，连战连捷。王建还派手下大将王宗侃占领了渝州（今属重庆）和泸州，直接威胁到李茂贞在东川的势力。李茂贞上表朝廷说：“王建连年攻东川，不听朝命。”昭宗与臣下商量，发诏书任命覃王嗣周为凤翔节度使，而改任李茂贞为西川节度使，让他离京城远点，去和王建打仗争西川。李茂贞也不傻，结果是不受代，反而把去上任的覃王围在奉天（今陕西乾县）。昭宗李晔闹着要去御驾亲征李茂贞，被朝中众臣劝住。最后还是韩建派人给李茂贞带信，李茂贞才放覃王归朝。
延王戒丕自李克用处回到华州，韩建上本说：“陛下即位以来，与附近的藩镇交恶，主要是诸王掌握兵权。最近延王和覃王又在搞阴谋，请陛下制止内乱。”李晔看了本章说道：“何至于此。”几天没有给韩建回答。没想到韩建竟勾结大太监知枢密刘季述娇诏兵围十六王宅，可怜这些平时养尊处优的王爷，披头散发爬墙上屋，向皇帝呼救也没用，最后通、浙、睦、济、韶、彭、韩、陈、覃、延、丹十一王被带到石堤谷处死，罪名是谋反。
经过朝中一番内乱，昭宗李晔才明白他这个皇帝不是爷，手握重兵的藩镇才是爷。昭宗李晔被迫下罪己诏，向李茂贞、韩建低头，要求息兵罢战，收回讨伐李茂贞的命令，恢复李茂贞的官爵，并仍为凤翔节度使。
正月，两浙、江西、武昌、淄青上表朝廷要求以朱温为都统，讨伐杨行密，昭宗下诏不准。
李茂贞、韩建致书李克用，说昭宗大驾出幸累年，希望和李克用和好，共同辅助王室，重修长安，李克用表示同意。李茂贞、韩建之所以改变态度，原因是朱温大修东都洛阳宫室，多次上表请昭宗李晔去洛阳而导致的，谁不害怕朱三来插一腿啊。
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