朱温攻占了兗州和郓州，兵强马壮，于是更加有了扩大领地一统华夏的野心。他决定出兵攻打杨行密，从而再占有淮南富庶之地。
朱温对杨行密可以说是忍了很久了，因为和朱瑄、朱瑾打仗，他腾不出手出兵攻打杨行密。这下郓、兗的问题解决了，朱温可以麾兵南下了。
杨行密做了不少令朱温痛恨不已的事。公元894年十月，杨行密竟公然接受泗州汴军叛将张谏，试图把已划入朱温势力范围的泗州夺去。公元895年正月，杨行密竟然表奏皇上，历数朱温罪恶，要求与李克用等藩镇联合讨伐朱温。895年三月，杨行密又挥兵渡淮，攻取了濠州和寿州。
公元896年，杨行密又出兵攻打武昌刺史杜洪，要知道杜洪那可是朱温的马仔，全靠杜洪朱温才能遏制南方诸镇供奉昭宗皇帝的道路，使昭宗李晔只能向朱温低头。公元897年四月，杜洪被杨行密所攻求救于朱温，朱温派出大将聂金掠泗州，朱友恭去攻黄州（属湖北省黄岗市）。杨行密派黑云都指挥使马珣`等去救黄州，汴军与杨行密的淮军的局部战争开打。结果，黄州刺史瞿章弃守黄州，退守武昌寨。朱友恭架浮桥渡江攻击武昌寨，活捉了瞿章，打败了马珣，拿下了黄州。
公元897年九月，朱温经过充分准备，发大兵南下，去攻打敢于与自己对抗的杨行密。他命令庞师古带领徐、宿、宋、滑之兵七万进驻清口要去取杨州，葛从周率领兗、郓、曹、濮之兵进驻安丰要去打寿州，而自己统兵驻宿州接应。
淮南人听说了朱温起兵攻打淮南的消息都很震惊，可杨行密却镇定自若，他马上调兵遣将准备迎击汴军。杨行密发三万人马派朱瑾为主帅进驻楚州（今属江苏省淮安市）来抵御庞师古，又派张训从涟水带兵与朱瑾汇合并作为全军的前部先锋。
庞师古按照朱温的指令来到清口安营扎寨，部下有人对庞师古说：“将军明察，我军安营的所在过于低洼，应该移营于高处。”庞师古认为安营之处是遵照朱温的指示，因此没接受部下的建议。其实这时朱瑾已经在远处观察过汴军营盘，定下了水淹汴军营寨的计策。朱瑾命部下拥塞淮河上游，使水位上涨，做好了一切准备。
庞师古虽然是汴军中出了名的勇将，但这时却犯了傲慢轻敌的毛病。有人跑来报告淮南人已经在河道上游出现，企图放水淹寨。庞师古竟然认为此人惑乱军心，竟然将来人推出帐外斩首。
公元897年，十一月，杨行密命令朱瑾与淮南将侯瓒带领五千人马，换上汴军服装，打汴军旗号，渡过淮河从北面准备攻击庞师古大营。又命令张训带千余老弱兵马渡河，迷惑庞师古。庞师古听说淮军千人渡河，不以为意，照样与部将下棋为乐，只等淮军挑战再出马去擒获敌将。正在这时庞师古忽听帐外似有万马奔腾之声，汴军士兵惊呼大水来了。庞师古出帐一看可不得了，只见大水冲进营寨，士卒纷纷向外逃命，逃不及的便被大水冲走。庞师古带领一部分亲兵逃到营中一块地势较高的所在，只见帐篷，战马、士兵被大水席卷而去。不一会只见顺水驶来不少战船，将庞师古所处高地团团围住，原来是淮南军战船。船上军士下岸开始攻击。庞师古所带几十名亲军很快被消灭，庞师古拼命抵抗，也被杀死在此处。
葛从周在寿州西北驻扎，被淮军朱延寿偷袭，败退至濠州。他听说庞师古兵败被杀，就急忙命令退兵。杨行密、朱瑾、朱延寿尾追不舍，走到淠水边，刚刚开始渡河，被杨行密等追上。淮军趁汴军半渡而击，葛从周的人马被斩杀大半。多亏遏后都指挥使牛存节弃马步战，葛从周才带领部分人马渡过河去。正在这时忽天降大雪，葛从周带领的残兵败将四日不得食，士兵路上又有不少冻饿而死，最后退回汴州只有不足千人。
朱温得到二路人马败报，也只好带领中军退回汴州。朱温回到汴州后收到杨行密送来的一封信，信中说：“庞师古、葛从周那里是我的对手，要决战请你亲自带兵来淮上与我决一雌雄。”气得朱温哇哇怪叫。
杨行密大宴群臣庆功，宴会上杨行密对大家说：“原来我是想先去寿州攻打朱温，李承嗣劝我先打清口，料庞师古一败，葛从周自然会败走，果然不出李将军所料。”于是赏了李承嗣钱一万缗。自从朱瑾、李承嗣、史俨来到淮南，杨行密待他们甚厚，无论是宅第、姬妾都选最好的送给他们。北人善骑射，南人善舟楫，朱瑾等人的到来，也教淮军骑射之技，大大增强了杨行密军队的战斗力。
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