朱温见到昭宗点了头，他决定杀掉这些不男不女的太监立威。当日，他就命令军士将宫中几百名太监集中到内伺省，其中也包括皇帝亲近的太监第五可范在内统统杀掉，只杀的哭喊呼冤之声震动宫外。又传下命令要各地将那些出使在外的宦官逮捕杀掉，只留下一些品级低微年级幼小的太监三十人打扫宫室。从此之后六军十二卫，皇帝身边的禁军都归崔胤掌管了。
昭宗李晔回到长安，在朱温的支持下，崔胤独揽朝中大权，昭宗做每件事情都要向他禀报。在崔胤的指使下，二月份昭宗下诏免去所有朝廷在凤翔时期所封之官职。朝中大臣随昭宗到凤翔者被贬官放逐达三十多人。昭宗回京后，向诸道赐发诏书，独没有发给李茂贞。原来的门下侍郎、同平章事陆扆虽被贬为沂王傅，仍上奏说：“李茂贞虽然罪恶重大，但朝廷并没有与他决裂，现在单独不赐他诏书，别人看来不够宽大。”崔胤知道后大怒，奏请昭宗贬斥他。宫人宋柔等十一人是韩全诲献到宫中的，还有那些与宦官有交往的僧人和道士二十几人，一并送到京师由京兆尹乱棍打死
二月初五，工部侍郎、同平章事苏检，吏部侍郎卢光启被赐自尽。初六中书侍郎、同平章事王溥被降职为太子宾客、分司。这三个人都是崔胤的政敌。
初七，朝廷为朱温赐号“回天再造守正功臣”，赐朱温僚佐敬翔等人号“迎銮协赞功臣”，诸将朱友宁等号“迎銮果毅功臣”，都头以下号“四镇静难功臣”。
昭宗李晔知道他现在是落在朱温和崔胤手中了，只有拼命巴结朱温崔胤才能过上舒服点的日子。他召集群臣商议怎样才能更进一步尊崇朱温，昭宗提出要任命诸道兵马大元帅。按唐朝规矩，这个大元帅只能由一位皇子来担当，而任命朱温为诸道兵马副元帅，这已经是军队中外姓人的最高职位了。崔胤提出让辉王李卓祚担任大元帅，昭宗说：“濮王是长子，应该濮王来担当。”而朱温和崔胤已经商量好了，坚决要求由辉王李祚来当，主要是因为辉王年幼，有利于朱温专权，昭宗也只好让步。二月初八昭宗任命李祚为诸道兵马大元帅，初九加封朱温太尉、诸道兵马副元帅，晋封梁王。崔胤被任命为司徒兼侍中，以敬翔为太府卿，朱友宁领宁远节度使。
昭宗从凤翔返回长安后有意拜韩偓为相，韩偓推荐自己的老师御史大夫赵崇和兵部侍郎王赞代替自己。昭宗打算照准，崔胤怕他们分掉自己的权力，就鼓动朱温反对。朱温去见昭宗就说：“赵崇是轻薄之魁，王赞无才，韩偓怎么能举荐这样的人为相呢？”昭宗见朱温发怒，不仅不敢再用赵崇、王赞连韩偓也急忙贬官到濮州作司马去了。韩偓临行时，昭宗秘密召见他，不禁流下泪来，韩偓对昭宗说：“这个人（指朱温）已经不能和以前相比了，我虽被贬远离京师死而无憾，不忍看到他们做篡弑的事情。”
二月十八日，昭宗要朱温给李茂贞写信，要接回平原公主。李茂贞不敢违抗，急忙将公主送回长安。
二月二十一日，昭宗又任命朱友裕为镇国节度使。
二月二十四日，朱温上奏请留一万步、骑兵屯驻在原神策军驻地，以朱友伦为左军宿卫都指挥，任命汴军将领张廷范为宫苑使，王殷为皇城使，蒋玄晖充会街使。于是朱温的党羽基本上控制了京城长安。
二月二十七日，朱温辞别昭宗回大梁。昭宗先在寿春殿设宴表示挽留，又在延喜楼为他饯行。酒席宴上昭宗写诗赐给朱温，朱温也胡诌一首诗作为回答，昭宗又赐五首“杨柳枝词”给朱温。朝廷百官排成队伍在长乐驿辞别朱温及其军队。崔胤独自送朱温到霸桥，直到二更才回城里。昭宗又召见崔胤讯问朱温情况，摆宴招待崔胤直到四更才罢。
朱温临离开长安还对昭宗说：“我和李克用没什么大矛盾，我走之后希望陛下对他多加恩泽，派大臣去安慰他，让他知道是我的意思。”
李克用的进奏吏将这些话告诉李克用，李克用马上就明白了朱温的目的，他说：“朱三要在淄、青一带用兵，怕我抄他后路罢了。”
公元903年三月十七日，朱温回到大梁。
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