也就是在汴州大战时期，僖宗朝廷与凤翔节度使之间的矛盾逐步升级。先是皇帝身边的天威都头杨守立的士兵与李昌符手下军兵为争道发生械斗，皇帝发谕旨要他们和解，不起作用。后来，皇帝身边的宿卫都拿起武器严阵以待准备厮杀。夜里李昌符竟然起兵放火烧皇帝行宫，攻打大安门。杨守立带领军队与李昌符在凤翔街道上展开巷战，李昌符被击败，领兵退保陇州（今陇县在山西宝鸡市西北）。僖宗命令扈驾都将、武定节度使李茂贞为陇州招讨使去打李昌符。八月份，陇州刺史薛知筹杀了李昌符全家，献城投降。僖宗封李茂贞为同平章事，凤翔节度使。
公元887年，六月份还发生了一件事那就是河中牙将常行儒杀掉了节度使王重荣。王重荣用法严苛，曾经严厉处罚过常行儒。常行儒怀恨在心，于是就起兵作乱，攻打府衙。王重荣逃出府衙，躲在他在府衙外的另一处别墅，被常行儒发现，把他捉出来杀了。朝廷任命王重荣的哥哥陕虢节度使王重盈为护国军节度使，又以王重盈的儿子王珙为陕虢留后代理王重盈留下的事务。王重盈来到河中，杀掉了常行儒，做了河中节度使。
朱温击败了秦宗权，军势大振。现在他最大的愿望是扩大地盘，壮大军事力量，以实现独霸中原的梦想。六月份亳州发生动乱，谢殷发动兵变赶走了亳州刺史宋兗，这时朱温正和秦宗权打仗，无暇顾及。八月份大战已经结束，朱温立即发兵到亳州，命大将霍存袭击谢殷，杀了谢殷，占领了亳州。
为了扩大地盘，朱温选中的下一个进攻目标竟然是在汴州大战中无私的帮助过自己的朱瑄和朱瑾兄弟。当时朱瑄为了增强军力正在招兵，朱温用敬翔之计，派出一些士兵跑到朱瑄处应召。朱瑄为了招到更多士兵也是来者不拒。朱温便借口朱瑄招诱宣武军士兵，并写信给朱瑄让他停止这样做。朱瑄回信语多不逊，这下朱温有了借口。朱温一面上书朝廷称朱瑄招诱他的士兵，瓦解宣武军，要出兵索还，一面派朱珍、葛从周率兵攻打曹州。防守曹州的刺史丘弘礼不是朱珍的对手，兵败被杀，八月十一日曹州被汴军占领。汴军接着就去攻击濮州，朱瑄、朱瑾带领两镇兵马来抵挡汴军，两军相遇在濮州外围的刘桥。这场大战，兗、鄆兵大败，有数万名士兵死在战场上，朱瑄、朱瑾带残兵逃回鄆州。
十月朱温亲自率兵马来到濮州战场，与朱珍一起攻打濮州。朱瑄派其弟朱罕带数万兵去救濮州，遭到朱温与葛从周迎击，在范县全军覆没，朱罕也被活捉斩首。十月初七，朱珍攻破了濮州城，守城刺史朱裕逃奔鄆州。朱珍带兵去攻打鄆州，朱瑄暗令朱裕诈降，与朱珍约定时间开城门，让汴军进城。朱珍高高兴兴按约定时间来到鄆州，见城门大开，便挥兵进城，刚进城就中了朱瑄的埋伏。兗、鄆兵关上城门大杀汴兵，这一阵杀死汴兵几千人。朱瑄、朱瑾乘胜追击，又重新夺回了曹州。
这次朱温攻打兗、鄆的战争进行了两个多月。汴军先胜后败，从此朱温与朱瑄、朱瑾不再是互相支援的兄弟，而成了仇敌。
公元887年九月，正当朱温与朱瑄兄弟大战的时候，扬州也发生战事。淮南节度使高骈被手下的将官毕师铎、秦彦所杀。毕师铎和秦彦都是黄巢旧将，后来在福州战斗中投降了高骈。高骈手下吕用之胡作非为，引起毕师铎不满，引兵联合宣州观察使秦彦攻打扬州。吕用之带领人马抵抗，战败，逃出扬州城，而高骈被软禁。
吕用之伪造了高骈的求援信，送给庐州刺史杨行密求他发兵攻打扬州。杨行密的谋士袁袭对杨行密说：“高公已经老糊涂了，吕用之是个奸邪小人，毕师铎悖逆无行，此是上天要把淮南交给明公啊，明公应该马上发兵去打扬州。”杨行密带领全部庐州兵马并联络高骈不在扬州的旧部去攻打扬州（广陵）。这时那位原来威风八面的落雕御史，淮南第一号人物及他的子侄甥男几十人已经被秦彦和毕师铎关在一座道院里。秦彦、毕师铎出兵与杨行密交战，被杨行密杀得大败，竟然去向一名仙姑叫做王奉仙的问计。这位仙姑说：“扬州分野有大灾，必须死掉一位大人物，才能反败为胜。”
高骈被囚禁在道院，毕师铎不给他们食物。这一天高骈正在道院中把皮带放到锅里煮，打算用皮带充饥。突然一队士兵闯进院子，原来是毕师铎派他手下偏将刘匡时来杀高骈一家。
高骈及其子弟甥侄无论长幼都被杀掉，挖了一个大坑埋在了一起。杨行密听到高骈被杀的消息，带领全军披麻戴孝在扬州城外大哭三天。
杨行密围困扬州半年有余，只困得扬州城内草根树皮都被吃光，最后只能吃堇泥，大半城中人都被饿死。杨行密攻进扬州时，原来繁华的扬州市只剩下几百户人口。秦彦、毕师铎逃出城外，投奔了秦宗权的弟弟秦宗衡。吕用之曾对杨行密说：“我有五万铤银子，埋于居所，破城之日献出来，以备麾下酒饭之资。”攻破扬州后吕用之交不出这些银子，杨行密杀了吕用之及其党羽，自称淮南留后。
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