亨利八世于1547年1月28日驾崩，凯瑟琳可以和她的旧爱休德利的西摩男爵一世托马斯·西摩结婚。他们在老国王驾崩后的六个月结了婚，并且得到了新国王的许可。当他们的联姻公开时，还引起了一点小丑闻。
凯瑟琳第一次怀孕，在35岁时候怀了西摩的孩子。这次身怀有喜对凯瑟琳来说很惊喜，因为她前三段婚姻都没有怀孕（当然，她的丈夫们都比她大很多）。这次，她与丈夫的兄弟媳妇萨默塞特公爵夫人安妮·西摩发生了摩擦，焦点在于凯瑟琳的珠宝。
公爵夫人争辩珠宝是属于英格兰王后的，作为英格兰太后，凯瑟琳不应该再佩戴它们。相反，她作为护国公的妻子，应该是可以佩戴它们的人之一。她还援引继承法案，清楚的指出凯瑟琳在领土内比其他贵妇享有优先权。
事实上，就优先权而言，萨默塞特公爵夫人排在玛丽小姐、伊丽莎白小姐及被封为国王的姐妹克里维斯的安妮之后。最后，公爵夫人赢了争论，也造成她与凯瑟琳的关系长期破裂，西摩兄弟也因此关系变差。
托马斯目睹了整个争议过程，看清了他的兄弟为了社会地位而进行的个人攻击。凯瑟琳的婚姻也变得紧张。十六世纪普遍认为怀孕期间不能进行性生活，西摩开始觊觎凯瑟琳的继女伊丽莎白小姐，那时她住在他们家里。风传他甚至计划在与凯瑟琳结婚前娶伊丽莎白，后来据说凯瑟琳发现他们两个还拥抱。无论是不是发生过这种事情，伊丽莎白于五月被送往另外一处府邸，从此再未见过她亲爱的继母。
凯瑟琳在1548年8月30日生下了她唯一的孩子，一个名叫玛丽·西摩的女孩。但六天后，即1548年9月5日在格洛斯特郡的休德利堡去世，一般认为她死于产褥热或者是产后脓毒症。巧合的是，这与亨利八世第三个妻子简·西摩的死因一样。在缺乏分娩产后卫生护理的条件下，这也并不算不寻常。
不到一年后，托马斯·西摩即以叛国罪被处以斩首。玛丽被送往萨福克公爵遗孀凯瑟琳·威洛比处抚养。她是凯瑟琳的一个密友。一年半后，一项议会法案恢复了玛丽的财产权，减轻了公爵夫人的负担。最后一次在文献中提及玛丽·西摩是她的两岁生日，尽管有故事流传说她后来结了婚有了孩子，但多数历史学家相信她在孩童时期就已夭亡。
1782年，一个名叫约翰·罗卡斯特（john loct）的绅士在休德利堡礼拜堂的废墟中发现了凯瑟琳王后的棺椁。他开启了棺材并进行了观察，历经234年，她的尸体在一个出奇的好的环境中得以保存。据说她的一支胳膊仍然白皙且润泽。他取了她几缕头发后，封闭了棺椁并且重新安置在墓中。
在此10年后，她的棺椁又被多次开启。1792年一群醉汉甚至回葬时还将棺椁上下颠倒，并且行事粗鲁。当1817年官方正式开启的时候，只剩下了一句骷髅。她的遗骨被移往白金汉公爵的墓地，那时他的家族拥有这个城堡。几年后，约翰·斯科特爵士（sir john stt）重建礼拜堂，并为凯瑟琳王后营造了一个适宜的祭坛及墓穴。
在流行的传说中，凯瑟琳作为一个妻子更像她丈夫的护士。这种说法产生于19世纪，维多利亚时代的道德家及原女性主义者爱格妮思·斯特里克兰（ags strid）的作品中。这种臆测在戴维·斯塔基（david starkey）的书《六个妻子》（six wives）中被质疑。他指出，因为亨利八世有数目庞大的医生专为他的手和脚服务，并且凯瑟琳希冀生活得极具王后威严，这种说法对都铎王室来说是有含混的猥亵意味的。凯瑟琳·帕尔在电影及电视中经常被比她大很多的女演员扮演，实际上她30岁出头就与国王结婚，去世时也不过36岁。凯瑟琳的理智、道德正直、炽热的宗教诺守、强烈的忠诚与奉献精神为她在史学家中赢得了许多追慕者。
以凯瑟琳帕尔女王配偶身份的护佑，凯瑟琳于1543年7月12日在汉普顿宫与亨利八世完婚，成为英格兰史上首位女王，同时伴随亨利继承爱尔兰国王王位，她也成为爱尔兰女王。身为女王，凯瑟琳对调和亨利与他前两次婚姻的养女负有一定责任，她们后来分别成为玛丽女王一世和伊丽莎白女王一世。她还与亨利的儿子爱德华建立了良好关系，爱德华时为威尔士王子，后来成为国王爱德华六世。她登基女王后，她的叔叔霍顿公爵帕尔成了她的宫务大臣。
在1544年7月至9 月这三个月间，凯瑟琳在亨利八世在他最后一次在法国的失败征战期间被任命为摄政。得益于她的叔叔被任命为摄政议员，并且温和地对待托马斯·克兰麦（坎特伯雷大主教）及赫特福德伯爵一世爱德华·西摩（ed; seyour， 1st earl of &ford），凯瑟琳获得了行之有效的控制，可以按照她的意愿行使权力。她处理了亨利八世在法国战役时的供给、财政及召集等问题；签署了五份皇家公告；越过与苏格兰复杂而不稳定的关系，同她在北部边界地区的军官保持了稳定的联络。一般认为她作为摄政的行为、人格力量及威严及后来的宗教信仰，都深深的影响了她的继女伊丽莎白一世。
无论她是否真的正式改信新教，这其实不太可能，凯瑟琳都被认为改革得太多了而遭到天主教及反新教的官僚的怀疑，如斯蒂芬·伽纳德（stephen garder，温彻斯特主教）及托马斯·赖奥斯利勋爵（thoaswrthesley， 1st earl of southapton，大法官）。他们在1546年还试图让国王来反对她。还有一份逮捕令被拟定，并且欧洲都盛传国王被王后的好友，萨福克公爵夫人凯瑟琳·威洛比（bsp; willoughby，dubsp; of suffolk）所吸引。然而，凯瑟琳王后设法发誓说她只是国王在饱受腿伤折磨时与他辩论宗教问题而转移他的注意力罢了，以此与国王达成和解。
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