其实，能拖这么久，还是朱由校一再把关的结果。否则，按照方从哲、孙如游两人的死要面子活受罪作风，必定会三言两语就定了案。然后，朝廷就会和黄教喇嘛打不清的官司，烦不胜烦。
而如今，在朱由校的一再坚持下，协议中的条款定得很细，双方的权利义务也划分的很明确。而在最后，方从哲、孙如游代表着中央政府，章嘉呼图克图代表着黄教教门，双方共同签署了一份正式文件，并勒石为记，史称《黄教协议》。
在这份协议里，首先规定了黄教和朝廷的关系是臣属的关系。每一代的章嘉呼图克图，都要经过朝廷的册封，方能正式确认。而转世灵童的挑选甄别，也必须在朝廷使者的主持下举行。
同时，为了避免新一代的章嘉呼图克图被地方势力控制，双方约定，转世灵童必须在乌斯藏选出。
根据协议，朱由校当即便颁布了圣旨，封章嘉呼图克图为活佛，掌管辽东及原奴儿干都司属地黄教事务。并拨出白银万两，为章嘉呼图克图择地修寺院。
不过，仅有一个寺院是满足不了朱由校的需求的。
为了帮黄教迅速在奴儿干地区站住脚，朱由校还给章嘉呼图克图出了一个招，让他大胆的向大明商人借贷。用借贷来的银子去修寺院，然后在分期偿还。
“陛下，我们出家人六根清净，那有什么钱还债啊？”章嘉呼图克图一脸的不乐意，向皇帝哀求道。
朱由校才不想听他哭穷，要知道，这些出家人的心肠是最狠毒的了。他们占据着大量土地、人口，却不给朝廷交半分税。还借着天上神佛的名义，不停的向朝廷要钱，向信徒要钱……
“上师说的倒也有道理，”朱由校微微一笑，却用手指了指协议，“这上面不是写了吗？在寺庙旁边，建设市场，供商人交易所用……”
章嘉一愣，这条不是你们强行要求的吗？和我有什么关系？
见章嘉一脸的迷茫，朱由校急忙解释道：“这市场，可是朕给寺庙的一桩财路啊。
每个寺庙旁，都会建上一个市场，供信徒交易所用。而朕，也会督促官吏，派出商队去市场上交易。这样一来，市场自然可以收到许多赋税……”
听皇上这么一说，章嘉的眼睛登时便亮了，“陛下的意思是，这些赋税都归寺庙所有？”
朱由校顿时便呆住了，这六根清净的人，脸皮也真厚啊……
“上师误会了，”朱由校笑着摇摇头，“这些赋税，朕准备分成三份，寺庙一份，奴儿干都司一份，当地土司一份。”
听皇上提起奴儿干都司，章嘉便是一愣，“……陛下要从新设置奴儿干都司。”
“上师帮朕教化百姓，朕心甚慰，”朱由校打起了哈哈，“可奴儿干地区毕竟虎狼成群，朕岂能坐看上师陷于虎狼之口？设置奴儿干都司，正是为了保护上师的。”
见章嘉还在犹豫，朱由校便承诺道|：“上师放心，朝廷不会干涉寺院事务。而寺院遇到困难时，却可以向奴儿干都司求救。”
章嘉沉吟了一会儿，便双手合十，向皇帝表示感谢，“……陛下牵挂小僧安危，小僧感激不尽。”
朱由校忙客套了两句，又接着解释道：“奴儿干地区和内地迥然相异，如以汉制管理，必将事倍功半，非朕所愿也。因此，朕决定，在奴儿干地区，采取民族自治，由各部落自己管理自己。而奴儿干都司，则只负责本地的安全。”
“民族自治？”章嘉有点不解。
“比较像土司制度，却比土司制度更进了一步。”朱由校解释道。
“每一土司，不分大小均可派出一名代表，去奴儿干城参加会议，决定奴儿干事务。朕把这个会议叫做议会，代表叫做议员。”朱由校说着，不禁微微一笑，“而上师，也要去参加议会，和朝廷派去的官员，共同主持会议的召开……”
章嘉有点迷糊了。
他低头想了半晌，觉得这是皇上在试探自己，便一脸真诚的奏道，“陛下，这样一来，岂不是把奴儿干完全抛弃了？不妥啊，不妥……”
朱由校心中一阵得意，心想，所有土司，不管大小只有一票。谁要是想多要几票，就得自废武功，把自己的土司拆散。呵呵，我这是‘多封众建、因俗而治’，太祖皇帝流传下来的阳谋。
等过些年，我能腾出手来了，再向奴儿干大肆移民，设立州县。嗯，到时候，我就以乡为单位，向议会增加汉人的名额。只要我有兵在手，料你们也不敢抵抗……
心中虽这么想，朱由校脸上却一片坦然，“……正因为这样，才需要上师帮着教化百姓，为朕出力啊。”
章嘉一阵无语，心想，反正我的意思已经表明了，你爱听不听吧。
“陛下重托，小僧定不负所望。”章嘉恭恭敬敬的应诺下来。
“有了议会，还是不够。”见章嘉应承，朱由校又继续解释道，“各土司之间，土司与汉人之见，必定会发生一些纠葛。这些纠葛如不妥善解决，必定会因此矛盾冲突。因此，议会必须要担负起这个调解仲裁的重任……”
朱由校脸色一整，“上师，你到奴儿干之后的第一件事，便是召集各部落智者，编出一本法典来。这本法典，将作为议会处理内部事务的准则。你明白了吗？”
“陛下深谋远虑，小僧自当尽心竭力，完成这一宏愿。”章嘉一喜，这正是一个传教的好机会，连忙答应下来。
“关于这个法典，”朱由校却不想让章嘉太过得意，又做出了限制，“当以我大明律为蓝本，尽量和大明律保持一致。此外，还要尊崇各部落风俗人情，做到不偏不倚。因此，这本法典制定完毕后，要先报议会投票通过。再送到京城，由朕亲自颁行。”
“至于法典的执行，”朱由校又做出了限制，“由朝廷出资，在奴儿干设立一个法学院，专门培养法官。议会可在这些法官中，选出得用人选，分赴各地审理案件。为了慎重起见，法官可分为初中高三级。
最初的案件，当由初级法官审理；审理后，涉案人员如有不服，可去向中级法官申诉；……如对高级法官的审判不服，可以向议会提出申诉。如是还有不服，可以向大理寺申诉。而大理寺，将是最终审判。
还有，如按照法典，需要判处死刑者，必须由上一级法官审核，然后报朕批准。奴儿干议会，没有直接处死人的权利……”
按照朱由校的设想，以章嘉呼图克图为首的黄教，将是奴儿干地区的精神支柱，其影响力足可和朝廷媲美。为了日后少些麻烦，朱由校才如此苦口婆心的给章嘉讲解，希望他能有所警惕，不要自误……
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