接到消息后，巴耶济德二世率领大队人马，浩浩荡荡、马不停蹄地向伊斯坦布尔狂奔。到达伊斯坦布尔后，巴耶济德二世为能顺利进入王宫，向负责王宫保卫的加尼沙里军团的每个人都分发一份优厚的赏金，并对苏丹王位空缺期间加尼沙里军团士兵进行的抢劫活动给予了特赦。这样，就将帝国军队的主力加尼沙里军团争取到自己一方。
杰姆闻知巴耶济德二世即位的消息，心怀不满和不安，立即率领卡腊曼和科尼亚两省的军队进军奥斯曼帝国在小亚细亚的行政中心布鲁沙，将其占领，作为他反对巴耶济德二世的大本营。
一山难容二主，巴耶济德二世稍事安定后，立即率领穆罕默德二世生前招集，准备进攻欧洲的大军进军布鲁沙，将杰姆打败。杰姆率少数亲信大臣逃往埃及马木鲁克王朝，并由此前往麦加朝觐。
巴耶济德二世并不像他的先辈那样心毒手辣，并不想置一奶同胞的唯一的兄弟于死地。他派出使者前往麦加，表示不再追究杰姆的反叛责任，并保证继续给予他王公的待遇，只要他肯永远居住在耶路撒冷，不再返回伊斯坦布尔。杰姆并未为巴耶济德二世的诚恳所打动，而是杀死了他派来的使者，拒绝了他的要求。公元1482年7月，杰姆率领投奔他的人马渡过海峡，前往攻打伊斯坦布尔。
巴耶济德二世对此早有防范，强悍的加尼沙里军团很快将杰姆军击败，杰姆只身逃脱，投奔欧洲雇佣军占据的罗得岛。
此后，杰姆成了欧洲国家敲诈巴耶济德二世钱财的筹码，罗得岛上的圣约翰骑士团在收到巴耶济德二世每年给付的40 000枚金币后，答应为其看管杰姆。后来杰姆又被转手到了法兰西国王查理八世和罗马教皇亚历山大六世手中，受尽屈辱。再后来，查理八世想要利用杰姆进行一次十字军对奥斯曼帝国的东征，但杰姆却因身患热血病而死亡。巴耶济德二世还算重兄弟情谊，将他的遗体用重金赎回，隆重地安葬在布鲁沙帝王陵墓中。
在杰姆活着期间，巴耶济德二世由于惧怕欧洲国家支持杰姆与他争夺王位，并未对欧洲国家展开大规模侵略战争。但当公元1495年杰姆病死在那不勒斯后，奥斯曼帝国的军事体制决定着它必须开展大规模的对外侵略战争，才能缓解国内依靠对外掠夺财富才能保障生计的封建骑兵和加尼沙里军团的压力。因此，巴耶济德二世在将杰姆安葬后，即着手在帝国境内的锡诺普、格利博卢、勒班多、发罗拉和普雷佛札等地建造新型战舰。以从海上进行对欧洲国家进一步的掠夺。
奥斯曼海军进行的新一场掠夺战争是从对威尼斯共和国所属的达尔马提亚海岸线的城镇开始的，这就势必引起与威尼斯共和国海军的战争。公元1499年10月，奥斯曼帝国与威尼斯共和国的战争从陆上和海中同时展开，巴耶济德二世率领大军进军伯罗奔尼撒半岛上的麦托尼和科罗尼城，将它们占据；然后奥斯曼海军在纳瓦里诺附近与威尼斯海军进行了一场激战，将威尼斯舰队击败。
经过几年断断续续的战争，双方难分输赢，最后于公元1503年双方签订一个和约，结束了彼此之间的战争。这场战争，使国小兵微的威尼斯的军事实力受到了很大的损失，而奥斯曼海军凭借国家强大的经济和军事实力做后盾，一跃而成为东地中海上的霸主。
奥斯曼帝国在海上的称霸，引起了一件具有世界意义的大事，就是葡萄牙人瓦斯科•达伽马在公元1498年为欧洲人寻找到一条通向亚洲的新航道。对现代欧洲资本主义的发展具有特殊的意义。
公元1512年4月，体弱多病、老态龙钟的巴耶济德二世将要走到了生命的尽头。他的儿子们又要为争夺苏丹的位子展开一场厮杀。
巴耶济德二世一生中共有过8个儿子，但其中5个已先于他离开人世，他临终前只剩下3个儿子。大儿子考尔库德在马尼萨省任总督，他是一位知识型的王子，深得大多数的神学家、哲学家和诗人们的拥护与支持；二儿子艾哈迈德在帝国最重要省份之一的阿马西亚省任总督，巴耶济德二世就曾在这里任总督，他深得他父亲的喜爱，认为他是未来苏丹的最佳人选；而小儿子塞利姆一世在特拉布松省任总督，是一位崇尚武力的王子，深得军界，尤其是加尼沙里军团的拥护。这三人驻所按地理位置，特拉布松省距首都君士坦布尔最远，为获得距首都伊斯坦布尔最近的位置，以便在将来巴耶济德二世病故后能够第一时间到达首都，获取王位。塞利姆一世在获知巴耶济德二世病重的消息后，率军占领帝国原首都埃迪尔内，从而获得了距伊斯坦布尔最近的位置。
面对弟弟塞利姆一世的步步紧逼，苏丹的继承人艾哈迈德也不甘示弱，但他却犯了一个原则性的错误。为了得到小亚细亚半岛上###教什叶派的支持，他抛弃了原先信奉的，也是奥斯曼帝国正统教派的逊尼教派，改信什叶派，并在公共场合穿戴上什叶派教派的服装。这一消息传到伊斯坦布尔，作为一名虔诚的逊尼正统教派的君主，巴耶济德二世很是愤怒，决定取消艾哈迈德的继承权。他派人将塞利姆一世召至宫中，举行隆重仪式，将自己的苏丹之位禅让给塞利姆一世。然后，在一个月后，他在前往他的出生地德莫提卡宫休养的途中，因病去世。
塞利姆一世虽然就任苏丹位子，占据帝国首都伊斯坦布尔和欧洲部分领土，但他充其量只不过是一半的君主，因为帝国的另一半亚洲部分还被他的兄长艾哈迈德和考尔库德占据着。58xs8.com