在行军途中，他与骑兵司令菲洛塔斯就是否要进军巴克特里亚发生了激烈的争执。菲洛塔斯作为老将帕米尼欧的儿子对亚历山大将其父亲免职极为不满，在部队中煽动起消极情绪，使得军心浮动，许多士兵不愿再与亚历山大进军巴克特里亚。亚历山大对菲洛塔斯这一行径极为愤怒，命令对菲洛塔斯进行审判，以叛国罪将其处死。处死菲洛塔斯后，亚历山大又派人拿着他的手谕，命令驻守哈马丹的首领将帕米尼欧秘密处决。
处决菲洛塔斯后，亚历山大命赫斐斯申代替他的位子，率部队继续前进。在行进途中，波斯帝国骑兵大将那巴赞斯、帕西亚、和赫卡尼亚总督福拉塔弗尼斯等率部队前来归降。在他们的引导下，亚历山大向赫卡尼亚的扎德拉卡塔城进发。在这里，波斯帝国首相拉巴尔查尼斯，重臣阿尔塔巴扎斯正率1 500名希腊雇佣军在此驻守。因为对帕萨斯杀害大流士三世心存不满，这些人见亚历山大率马其顿大军来攻，便开城投降。随同他们投降的还有希腊各城邦派驻波斯帝国的使臣。
在扎德拉卡塔城驻扎15天后，亚历山大又率大军征服勇猛善战的马尔地安人和阿瑞亚人。在这两地各自任命了总督。安置完之后，亚历山大率军向巴克特里亚进军，当大军行至巴克特里亚边境附近的马迦斯河时，忽接报告，投降的阿瑞亚总督撒提巴赞斯在亚历山大率军出发后发动叛乱，将留驻的马其顿官兵全部杀死。撒提巴赞斯率领叛军已经退守阿瑞亚首府阿塔考那城。
亚历山大一听这消息，怒火冲天。他命令克拉特拉斯率一小部分军队在原地等候，亲率大部队杀回阿瑞亚。经过两天的急行军，亚历山大所率马其顿大军就到达阿塔考那城下。撒提巴赞斯见亚历山大来攻，自知不是对手，带领一队骑兵一溜烟地逃跑了。
为了给死亡的将士报仇，也为给敢于反抗的阿瑞亚人一点颜色，亚历山大下令对阿瑞亚人进行大搜捕，凡是参加反叛的阿瑞亚人，一经逮捕，就地正法。对其他未参加叛乱的阿瑞亚人也一律变卖为奴。镇压完阿瑞亚人，亚历山大命令仍留在马迦斯河的克拉特拉斯率领部队来阿瑞亚与其汇合，他们共同率军向南方的扎兰迦亚进军。占据这一地区的是当初参与谋害大流士三世的巴散提斯，巴散提斯一见亚历山大率军来攻，自知不是对手，马上率部渡过印度河进入印度人聚居地。印度人唯恐亚历山大把战火烧到印度，就将巴散提斯逮捕交给亚历山大，亚历山大将其处死。随后，亚历山大在向巴克特里特进军中，又先后征服阿瑞阿斯皮亚人、德兰志亚人、迦德罗西亚人和阿拉科提亚人，他在各个新征服地区任命了总督来管理这些地区。公元前329年冬季，亚历山大率军到达了达塔尔拉克河畔印度人的聚居区。这里的印度人村庄是在地下掘地而建，居民家储存了大量的粮食、家畜、家禽和美酒。亚历山大决定在这里停下度过严冬，待来年春季再向巴克特里亚进军。
在此期间，又传来消息，撒提巴赞斯得到帕萨斯增援的2 000骑兵后，又杀回阿瑞亚，鼓动阿瑞亚人起义。亚历山大派波斯人阿塔巴扎斯和两位骑兵将领回兵征讨，同时命令帕西亚总督也率兵开赴阿瑞亚作战。经两路马其顿军队的打击，撒提巴赞斯所率部队马上溃不成军，其本人也阵亡。
转眼到了第二年春天，亚历山大率军翻越高高的兴都库什山，进入巴克特里亚境内。帕萨斯听到亚历山大翻过兴都库什山脉的消息，在将其所在巴克特里亚首府巴克特拉毁坏后，率领手下7 000名士兵渡过奥克苏斯河向粟特国撤去。沿途，不少士兵由于不愿到异国他乡，纷纷开了小差。亚历山大率部先是攻占了德拉普萨卡，然后向东攻占巴克特里亚的重要要塞城市阿尔诺斯和巴克特拉。
亚历山大稍做休息，在阿尔诺斯留下部分驻军，又率部抵达奥克苏斯河，准备渡河追击柏萨斯。奥克苏斯河水面宽阔，有1 000多米，水流湍急。柏萨斯渡河后，已将所有的渡船毁坏，马其顿大军渡河成了一道难题。亚历山大命令把盖帐篷用的兽皮集中起来，做成许多塞满草料的皮筏。马其顿军队用这些皮筏只花了5天时间渡过了奥克苏斯河。渡过河后，亚历山大便率一部分军队向粟特国方向前进，途中遇到粟特国国王达斯皮塔米尼斯派来的使者，说他已将柏萨斯逮捕，让亚历山大派人去押解。亚历山大命托勒密率一部分军队前往接收柏萨斯。经过一阵急行军，托勒密率军到达了达斯皮塔米尼斯的驻扎地。粟特国王已经率军撤走，但却把柏萨斯留在了一个小村庄里。托勒密率军将该村庄包围，很快柏萨斯就被抓获。托勒密将柏萨斯脱光衣服，五花大绑，戴上木枷，押解到亚历山大处。
亚历山大对柏萨斯进行了一阵残酷折磨后，将他押往哈马丹。在那里柏萨斯被割掉鼻子和耳朵，当着众多米底人和波斯人的面被腰斩。尽管受到了非人的折磨，柏萨斯从未表示屈服，他的确应该是波斯人的民族英雄，也是亚洲人的英雄。
柏萨斯一死，波斯帝国的抵抗力量被彻底剿灭，但等待亚历山大的是粟特人更加强烈的抵抗。
粟特人的首领是他们的国王达斯皮塔米尼斯。这位国王在将柏萨斯献给亚历山大后，本以为马其顿人会停止对粟特国的进攻，但亚历山大在将柏萨斯送回哈马丹后又向粟特国的都城马拉坎达（今撒马尔罕）进军。达斯皮塔米尼斯见不能与马其顿人硬打硬拼，便率部队撤至陡峭的山中。亚历山大率军占领马拉坎达后，追击粟特人到达药杀水河（今锡尔河），在这里，亚历山大派出寻找粮食的小分队遭到粟特人的袭击，全军覆没。亚历山大率军对躲在大山中的粟特人发起攻击，虽然战斗进行得非常艰难，亚历山大的腿部也受了伤，但马其顿人还是攻下大山，粟特人或死或跳下悬崖，只有一部分不足8 000人活了下来。达斯皮塔米尼斯不甘心于失败，号召粟特人起来反抗马其顿人，很快他就聚集了30 000人的起义队伍，占据7个城市对抗亚历山大。58xs8.com