阿尔马格罗被处死之前，弗朗西斯科·皮萨罗侯爵一直在浩哈停留，直到阿尔马格罗被处死后，他才从浩哈来到了库斯科城。他已经很长时间没来过库斯科城了，而且身份也不一样了，作为秘鲁的总督，这次进城的仪式就搞得十分地隆重。
他穿着华丽的貂皮大衣，骑着高头大马，在许多军官和士兵的簇拥下，在各种乐号和笛子的一路吹奏下，在许多人们的载歌载舞的欢迎下，缓缓地来到了他久违的印加广场上。然后，在埃尔南多和贡萨洛的陪同下，进到了市政厅。 市政大厅里摆满了宴席。宴席周围坐着西班牙官兵和市政官员。他们以激动和欢欣的心情对这位秘鲁总督抱以最热烈地欢迎。这位秘鲁总督踌躇满志地走到大厅前面，向在场的人们挥了挥手，然后，用洪亮的演说般的嗓音说道，“市民和士兵们，我们最阴险最强大的敌人已被我们完全地消灭了。这是我们远征事业的伟大胜利。”说过这里，大厅里爆发起了雷鸣般的掌声。
接着，这位总督又说，“阿尔马格罗这次带领士兵进行的武装叛乱，是反政府和反国王的叛乱，目的就阴谋占领和夺取我们用生命与艰辛得来的土地和财富。现在他们的叛乱被摧毁了，他们的首领和头目也受到了应有的处罚，这是他们应得的下场。但是，他们的下级军官和士兵还有很多，我们应对他们每个人要进行仔细地清查，对他们所犯下的罪行要进行惩治，对他们抢夺的财产要予以没收。当然，对那些只是遵照和执行命令参与叛乱的士兵，我们可以宽大为怀，既往不咎。同时，对这次在镇压叛乱的过程中建功立业，冲锋在前的官兵，我们也将会给予重重的奖赏。”他的话还未落音，一阵更为热烈的掌声经久不息。随后，宴会便在乐手们的伴奏下开始。
宴会之后，皮萨罗又来到了监狱门前，此时，三四百名被俘的士兵在几十名荷枪实弹的士兵严密的监视下，低着头懒懒散散地排成几排站在监狱的操场上。
皮萨罗走到被俘人员的面前，先是清呵了一声，然后说道，“你们都是被阿尔马格罗和奥尔戈涅斯带入歧途的，参与了叛乱。对此，我们已经惩罚了你们的首领，但对你们这些以服从为天职的官兵，我宽大为怀，既往不咎，准备马上释放你们。但是，你们过去抢占的房屋和财产要一律从公。不过，你们真是有什么需要，可以向库斯科市政委员会提出申请。我想库斯科市政委员会会帮助你们解决的。”
等皮萨罗讲完话，埃尔南多接着对被俘官兵们说，“刚才侯爵先生已经讲了，如果各位在生活方面有什么困难和需要，可以直接对我说，我一定会尽力地帮大家解决的。”不等他的话讲完，被俘的官兵便用愤怒地对他嗤之以鼻，使他没法再往下讲，只好收场，陪着皮萨罗离开了监狱。 刚离开监狱，皮萨罗便对埃尔南多和贡萨洛说，“这几天，你们把没收和缴获的房屋、土地和财产都登记在册，把分配方案定好，好开会进行分配。”埃尔南多说，“是。”皮萨罗又说，“等把他们的房屋、土地和财产分了之后，要把他们分散遣送到各地，不能让他们大批地集中在一个地方，这样很容易使他们聚众闹事，惹出麻烦。”埃尔南多说，“是，这些我已经想过了。”
在以后的几天里，皮萨罗亲自督导着部队官兵们从事两件重要的事情，一项是论功行赏，把从阿尔马格罗部下的官兵们没收和缴获来的财产进行分配。当然，埃尔南多和贡萨洛所得到的份额非常地丰厚。对于皮萨罗这种过度偏向自家兄弟的分配方式，军官和士兵们议论纷纷，意见很大，但是，皮萨罗根本不考虑其他官兵们的意见，蛮横霸道，固执己见。而其他官兵也只能是敢怒不敢言。
埃尔南多和贡萨罗不但得到了许多的土地和财物，还得到了卡尔比斯的一个巨大的银矿。这个银矿是向欧洲提供白银的最大的矿山。过去，这个矿山一直归属于阿尔马格罗。但是，由于阿尔马格罗一直没有开发，致使矿区废弃，而且，矿区附近盘踞着许多的印地安人。他们都是基斯基斯的残兵败将，曾与皮萨罗手下的索托骑兵小队打过好几仗。为了开发银矿，皮萨罗派贡萨洛带骑兵三百人对银矿附近的印地安人进行围剿。但比尔卡斯的印地安人非常顽强，而且也有一些对付西班牙骑兵的办法，所以，使得贡萨罗历经一个多月的多次战斗，才把当地印地安打散赶走。
而那些被俘的阿尔马格罗的官兵们则是另一种情境。他们被从监狱里释放出来，回到原来的家中，却发现原来的家已被别人占据，财产也已被没收，眼下一无所有。而且他们已经被告知：因为他们反政府的行为，他们没有权力向政府提出任何要求。本来，埃尔南多还想通过慷慨的馈赠收买阿尔马格罗的官兵，但这些官兵坚持不肯背叛自己的首领，而皮萨罗就根本不考虑这种事，直接将阿尔马格罗的官兵的财产一律没收，使他们两手空空，一无所有，甚至无法生存。这些人在库斯科城里无法生存，只得流落到库斯科郊外的那些被遗弃的贫民区里，甚至流落到郊外以远的山区去寻找生活的出路。
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