而那些没有自我行动能力的人都由军队统一组织撤离，比如医院病床上的病人和“去精留粗”中的那些孤儿。
说几乎也只是因为按照美琴偷出来的名单上还有几十人没有从学园都市内撤离，但是考虑到这些人可能是某些人为了方便行动安排的假身份，所以美琴觉得这几十个人在整个计划面前无足轻重。
况且在政府和军队近十个小时的撤离宣传下仍然待在学园都市、不听指挥的人，美琴表示这些人没救了。
仍然是美琴去过的那个军事基地，仍然是那个有着大屏幕的会议室，身后站着一群指挥学园都市行动的军方高层的美琴正在和小泉首相视频通话。
“首相先生，我认为真正的计划已经可以实施了！”
美琴随意的翻看了一下没有撤离人员的名单，发现全是一些动漫中闻所未闻的名字，既然这样也就不用顾及他们了。
“好的，我在此下达内阁会议做出的决定，攻击计划正式开始实施！”
“是！！”“是！！”
屏幕中两鬓微白的小泉首相严肃的说些，但是想到能够将学园都市纳入政府统治，小泉首相眼底也闪过了一丝激动。
虽然首相现在是被美琴控制了，但是铲除学园都市这个霓虹的国中之国也是让他一直殚精竭虑的事情，现在能够借助美琴大人的手解决这个麻烦，小泉首相觉得自己心里有些惊喜和惶恐。
“副官，疏散部队撤离出来了吗？”
给美琴递过军服、负责学园都市整个行动的山本将一向旁边的年轻副官询问道。
坐在指挥室首席的他看着面前的大屏幕头也不抬，瘦削健壮的身体中一股军人的铁血气息隐而不发，严厉的话语让旁边的年轻副官微微低下了头。
“是，学园都市内部军队已经全部撤离！”
旁边的年轻副官虽然觉得有些匆忙，但是仍然回答道。
“好，命令特殊部队携带学园都市暗部组织地图进攻，除了我们的人，明天早上我不想看到学园都市内还有任何活着的人！！”
山本将一说到最后脸色阴沉的说，本来再远的人员撤离也不会超过五个小时，现在整整用了十一个小时，这让本来打算在美琴大人面前表现一下的山本将一心情有些不快了。
“明白！！”
听到山本将一不在乎学园都市剩余几十人的命令，旁边的年轻副官身体被军方行动表现出来的残酷吓得抖了一抖，但是他立刻强自镇定下来接受了命令。
等到山本将一径自离开年轻副官才轻呼了一口气，想到刚才的命令，年轻副官正了正脸就向旁边的电话走去。
这次崩溃学园都市计划的收尾阶段就是由特殊部队执行了，特殊部队共三万人，他们的任务是在尽量不损伤学园都市内部建筑和仪器的情况下杀死所有留在学园都市的人。
不管…他是大人还是小孩，甚至学园都市内的小孩更加危险，是遇到之后优先消灭的目标。
特殊部队在进入学园都市后是分为三人一组的小队，这支特殊部队没有任何的大型枪械，内部队员的基本装备是红外透视仪和闪光弹。
每个小队由两人携带可以穿透数面厚实墙壁微型次声波武器，一人携带大量的闪光弹、毒气弹和催泪弹进行辅助，当然近身的手枪和军刀他们身上也不会少。
进入学园都市后的特殊部队直奔一个个研究基地和暗部地下组织，红外线扫描确认敌人，然后次声波直接穿透数面墙壁让敌人体内器官碰撞、体内大出血死亡。
几乎没有任何的损伤，敌人在靠近前甚至隔着几条通道就被发现击杀，特殊部队迅速的占领了一个个在白天军队久攻不下的据点，高科技新式武器碾压实弹武器的局面被尽彻淋漓的展现出来。
军队的杀人武器从来不只是机枪大炮，坐在所谓火力强大的驱动铠中又如何，驱动铠在设计时可没考虑防御次声波的攻击。
况且就算真的有这种设计的话，那不到一米厚的护甲真的能防御可以穿透五十多米厚度混凝土的次声波吗？
毫无疑问，在早上太阳重新升起的时候，学园都市已经被军队完全占领。
残留的地下组织、秘密基地？
在亚雷斯塔那里找到的资料全部包括在内。
留下来反抗的其他能力者？
在远处就被红外透视仪发现的他们就已经死在次声波上了，能力者的身体可还是普通人，而军人仔细认真的素质也让能力者们根本没有靠近的机会。
学园都市已经被霓虹政府收复，内部被亚雷斯塔封锁的关于大脑开发和超能力的资料也被政府收入。
世界各国控制的科学家都涌入学园都市吸收着内部的知识，反正在各国首脑都被美琴控制、地球联盟随时可能正式成立的情况下还是集合全球的力量发展研究比较好。
既然学园都市已经被政府掌控，现在还只能充当移动威慑性武器和吉祥物的美琴也没事干了，反正她对行政管理和科学研究并没有很大的兴趣。
这种事情美琴还是打算交给专业的人来作，作为门外汉的她在这些方面可不敢随便指手画脚的，其实美琴只是懒癌晚期发作不想动了而已。（咸鱼脸）
思来想去，美琴发现自己没事做了，然后只能认命的回家了。
时间嗖的过去了几个月，学园都市在霓虹政府…哦不…地球联盟霓虹分部的掌控下再次开放了。
在这段时间有些仗着自己具有超能力、恣意妄为的家伙引起了很大的治安混乱，为了解决这种情况联盟霓虹分部再次重启了学园都市。
所有学园都市曾经的学生必须回到学园都市学习，拒不实施者政府将进行强制措施。
学园都市的招生范围也不再仅限于霓虹，世界各地的孩子都可以送来学园都市接受大脑开发和超能力开发，当然给学生树立正确的价值观也成为了学园都市教学的重中之重。
学园都市的治安再次由教师组成的警备队和学生组成的风纪委员负责管理，政府对这套制度维持治安稳定的能力表示了肯定。
但是为了防止学园都市再次出现大量的不良，霓虹分部决定增拨款项除了私人空间外在每个地方都安装摄像头，一旦发现勒索、霸凌、非法集会的现象立刻进行制止和惩罚，惩罚按照严重情况劳改、拘留、电刑、废除能力赶出学园都市等不止。
时隔几月，御坂姐妹和初春、佐天、黑子等人再次在学园都市会面。
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