赵江东的大明本土部队，和新赶到的西印度群岛来的大明新军则勇敢的多。他们追上了巴拉雷的部队，并与他多次交火。
葡萄牙残军的路易斯旅在撤退中走错了路，未能按时与巴拉雷会师。路易斯旅有六个步兵团、四个骑兵连，兵力约七千人。有人说他是故意和巴拉雷走散，但是萨拉马戈赶上了他。萨拉马戈一反常态，大发雷霆。萨拉马戈把部队的指挥权，拿过来由自己和巴拉雷指挥，纠正了指挥松散的错误。
随后的一个月的追击作战中，巴拉雷居然表现得一无是处，和在以前的战役中判若两人。几次错失战机，几乎陷萨拉马戈于死地。大家认为认为巴拉雷和他的部队在阻击明军的战役中筋疲力尽，未经休整就参战，是表现不佳的原因。还有巴拉雷是巧战型将领，他对萨拉马戈亲自指挥的与明军的力战很不适应。
一个月的战役中，萨拉马戈的指挥成就非凡，数次从赵江东手中逃走，而且没有遭到严重的损失。但让他失望的是，明军始终追着他跑，不管怎么样，他都无法摆脱紧追的明军。在亚马逊河，萨拉马戈一次又一次的仓促迎战大明军队。
后来，巴拉雷恢复了状态，靠着巴拉雷的顽强防守，萨拉马戈逃脱了全军覆灭的危机，但是他永远也没有再次赢得战争的可能。因为，双方的实力对比实在太悬殊了。大明军队的两路人马会师后，沿着东西线对葡萄牙人发起了猛攻，他们合击巴拉雷。
终于，在亚马逊印第安森林部落的帮助下，大明军队将葡萄牙人围困在了亚马逊森林一个不足五平方公里的小块土地上。围歼战役打响。在五倍于己的敌人面前，葡萄牙人的司令萨拉马戈大胆分兵，再次依仗“石墙”。巴拉雷义无反顾地开始了他最后一战。
两路大明军队同时向巴拉雷进攻。武万军正要出发，一位居民来报：巴拉雷的专列停在共和港，部队在镇外，卫队人很少。武万军亲率三百五十名骑兵偷袭。武万军驱散，巴拉雷的卫队，巴拉雷正准备去视察莱塔部，听到枪响策马逃跑，两名参谋被俘。
脱险后，巴拉雷马上调军反击，武万军不敌，与赵江东汇合。但是，大明军队的包围圈这时已经无法打破了，明军调集了大明日本归顺军再次发起冲锋，同时大明的骑兵队伍也随同一起向葡萄牙人猛攻。
在战场上，巴拉雷大明军队骑兵围住，遭近距离的步枪齐射。巴拉雷连中六弹，几名卫兵也中弹身亡，他被送往后方，前线部队由路易斯指挥，不久他也受伤了。
前线部队由保莱塔指挥，巴拉雷认为自己情况稳定，重返前线应该不是问题，萨拉马戈安慰他说：“我希望你尽快好起来，你就是我的兄弟。”没料到几个小时后，已经取出五颗子弹的巴拉雷忽然脸色发白，嘴唇发青。医生认为自己已无力回天。
昏迷中醒来的巴拉雷，知道自己的情况后不肯相信。他认为上帝会给他时间，葡萄牙残军需要他。葡萄牙残军的临时指挥部，萨拉马戈率全军为巴拉雷祈祷，希望出现奇迹。
生命的最后几小时中，巴拉雷从昏迷中忽然醒来，他的思绪来到战场上。战斗并未结束。巴拉雷下令：“让曼拉萨斯塔准备行动，让步兵上去”。五分钟后，巴拉雷去世。
巴拉雷在葡萄牙残军最需要他的时刻死去，除了亚马逊森林里的一月追击战役外，没有一仗少得了巴拉雷。只要有巴拉雷，葡萄牙残军一般都可以化险为夷。和出身名门的萨拉马戈不同，巴拉雷成为名将实出偶然，大明围剿葡萄牙的战斗使巴拉雷赢得了英名。
这时，萨拉马戈最后可以依靠的是“石墙”旅，尽管随“石墙”出征的军官早已伤亡殆尽，但“石墙”旅仍赢得了明军的尊敬。
这时，葡萄牙人抵抗已经没有意义了，大明的绝对优势和火炮已经让这场战斗变成了单方面的屠杀。
萨拉马戈命令葡萄牙残军向明军投降，赵江东接受了葡萄牙人的投降。同时，下令收缴葡萄牙人的武器。
在放下武器的一刻，葡萄牙老兵们相信，要是巴拉雷在，葡萄牙必胜。
“我们虽然放下了武器，但是我们不要放下希望，以后我们还要在巴西生活下去，将自己的日子过好。”萨拉马戈对自己身旁的葡萄牙战俘说。
不知是战争太久，关于生活的话题已经越来越变为遥远过去呢？还是由于萨拉马戈已经被俘，失去了权威，当他说话时，大家都感到不自在。
葡萄牙战俘顺着河道走，他们在明军的指挥下开路，他们用开山刀砍着树木。
战场上有黑压压的大群苍蝇在飞舞，明军的马车不停地吱吱响着前去了。
战场上空寂无人，飘荡着一片死尸的臭气。明军对葡萄牙人战俘和大明死伤的战士都进行了安葬。双方所有的将士一起为死去的人祈祷和祝福，巴拉雷被单独安葬。数百“石墙”旅葡萄牙士兵晚上失踪，后来发现他们在巴拉雷坟墓前露宿。他们说：“过去我们跟老杰克一起睡在战场上，今晚我们最后一次和他一起露宿。”
大明在亚马逊战役中的胜利，除了赵江东敏锐的临战眼光和超常的发挥外，对地形和敌情的了解也是致胜的武器。战前，赵江东派侦察兵仔细地了解了亚马逊河的情况，因此在开战后对各地的地形了如指掌。其次，靠的是亚马逊印第安活络的大力支持，及时提供军情，骑兵日夜监视敌人。最后，是大明间谍的作用。
但是，这种总结对普通士兵无用，特别是葡萄牙的普通士兵，现在都成了战俘。
葡萄牙人的面色都成了黑的，他眼白闪着光。在可怕的亚马逊森林里，他们用树叶、树枝、挽起来的树藤，顶到头上当帽子。
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