出来抵抗的一万柔佛军队在海滩上被全歼，明军的陆战队在海滩上升起了大明的国旗。
明军的炮火可以直接轰炸柔佛苏丹的王宫，阿拉乌丁二世暗自叫苦，自从葡萄牙人于1511年占领马六甲之后，柔佛苏丹的家族就流年不利。他们一家似乎成了国破家亡的典型代表。
葡萄牙殖民者，幻想大明中如同马六甲一样可以轻易落入葡人之手，等他们来到大明沿海之后，发觉大明帝国并不是葡萄牙可以一口吞下的。
马六甲王朝的灭亡，除了遭遇强大的外敌之外，还有一个重要原因就是内部的衰落与纷争。
大明朝廷得知马六甲被侵占一事是在1520年，距马六甲落入葡人之手已过了9年。而在这9年中，葡人的脚步早已穿过南中国海，进入大明广东沿岸。
如果不是葡人的放肆，以及马六甲王子宾塘王公的使者穆罕默德来到北京，向礼部送来马六甲的求援信，马六甲落入葡人之手一事，明廷就会一直被蒙在鼓里。而明武宗早已失去了解决此事的能力，这位荒诞的君主，在卧病三月后晏驾。但在当时一批大臣的建议下，终于对马六甲的沦陷做出回应：不许佛郎机入贡，同时葡萄牙出使中国的皮雷斯一行于同年春夏被押往广州，并作为归还马六甲疆土之人质投入监牢。
当时的大明在东南亚一带并没有军事存在，它与东南亚国家的朝贡关系只是彼此的一纸政治承诺书，苍白无力。现在不一样了，嘉靖的军队在果阿消灭了葡萄牙殖民者。
马六甲港口的葡萄牙人成了孤军，但是葡萄牙的马六甲总督仍然不肯撤离。明军的舰队在马六甲海峡占有绝对优势，明军的火炮数量是葡萄牙人的六倍。当年葡萄牙在占领马六甲后，为防止当地势力的反击，建造了当时号称东南亚最大和最坚固的堡垒-法摩沙堡，这座城堡在明军进攻时，没能抵挡住绝对优势兵力的明军。在大明军队进攻的时候，葡萄牙人在堡垒里和马六甲城内有3300多人的兵力。
1511年，葡属印度总督率领一支由18艘舰船、1200名葡萄牙士兵和200名印度雇佣军组成的舰队，横跨印度洋，进入安达曼海，驶向马六甲海峡，直抵马六甲城下，他们向马六甲国王提出割让土地，修建要塞的无理要求，遭到了马六甲国王的断然拒绝，7月24日葡萄牙舰队向马六甲城发动了突然进攻。
尽管马六甲守军数倍于葡萄牙军队，马六甲国王也带领军民进行了顽强抵抗，重创了葡萄牙侵略军，但是仅凭大刀、长矛等冷兵器，怎能抵挡得住葡萄牙人坚船利炮的进攻，经过一个星期的激战，8月24日葡萄牙军队攻陷了马六甲城，占领了升旗山上的马来王宫，马六甲王朝最后一任国王见大势已去，带着残兵败将，丢下富甲一方的马六甲，慌忙逃往海峡对岸的苏门答腊岛，不久在那里抑郁而亡。
马六甲城陷落后，葡萄牙侵略者下达了屠城和掠夺的命令，大批的马六甲居民惨遭杀害，数以万计的珠宝被抢劫一空，就这样建国110多年，曾经辉煌无比的马六甲王朝灭亡了。
葡萄牙占领马六甲后，利用武力和宗教进行殖民统治，他们拆毁了升旗山上的王宫，建造了坚固的炮台，炮口直指海面和马六甲城内，在马六甲河口修建了圣保罗教堂，向当地居民传播天主教，同时以海盗的方式垄断了海峡贸易，向停靠马六甲的商船收取高额“买路钱”，为葡萄牙攫取巨大的经济利益。在殖民统治时期里，葡萄牙将马六甲变成它在东南亚的殖民中心，葡萄牙人曾经不无得意地炫耀说“马六甲是葡萄牙王冠上的一颗明珠”。
葡萄牙人独霸马六甲黄金水道，攫取了巨大的经济利益，引起了大明嘉靖皇帝的不满。大明军队在征服柔佛苏丹的同时，顺便向葡萄牙发起了挑战，他们以武力赶跑了葡萄牙人，占领了马六甲城。
和明军战斗，葡萄牙人还差了那么点意思。大明的重炮向法摩沙堡轰击。
大明军队上午九时左右，从海上舰队的发射的炮弹就对法摩沙堡密集轰击，葡萄牙人的炮兵未发一弹，就全被毁灭。柳铁塔将军率领舰队从海上进攻。大明第十六军司令霍钱隆属下的第三十一师中的步兵旅、第一炮兵团率领配备榴弹发射器和大炮的部队，越过边境从陆路进攻。
葡萄牙人守军在众寡悬殊的情况下，一夜之间被打得溃不成军，下午三点马六甲城沦陷，葡萄牙人退守法摩沙堡。晚上六点，明军攻占了水塘，切断了葡萄牙人的淡水供应，大明发动进攻前，葡萄牙军方估计，一旦大明进攻马六甲，马六甲至少可以抵坑六个月，这样，葡萄牙援军就赶到了。然而，这只是葡萄牙一厢情愿的想法，
大明一交手，葡萄牙人就丢盔弃甲，溃不成军。晚上9时许，马六甲上空飘起了白色停战旗，当天晚上，葡萄牙总督在马士加路明军海军司令柳铁塔签署了正式投降书。
明军以打死1200多名葡萄牙人、生俘近2100人的战绩，占领了马六甲。大明征服马六甲后，对原来的葡萄牙建筑没有损毁。
圣保罗教堂由葡萄牙人于1521年建立，是欧洲人在东南亚修建最古的老教堂。因著名传教士圣方济埋葬于此，教堂前竖立着一个没有右手的圣方济雕像，基督徒们将其视为神明来祭拜呢，大明占领马六甲后，也曾把圣保罗教堂当作城堡使用。
由于建在高地上，游客们在观光圣保罗教堂时也能顺道俯瞰马六甲市。现在教堂内竖立着一块块写有拉丁文和葡萄牙文的石板，这就是当年葡萄牙贵族们的墓碑。可以说这座圣保罗教堂见证这马六甲风云变换的历史，站在宽大无顶的教堂内，可以静静感受岁月留下的痕迹。
建于三保山上的三保庙，是为了纪念郑和，这位对马六甲发展有着重大贡献的航海家而建的。在郑和七下西洋期间，曾多次到访马六甲。
三保庙采用大明的建筑风格，据说所有的建筑材料和工匠都是从大明引进的呢！三保庙内院子里有一座郑和像，气宇轩昂，尽显郑和的英雄气概。
第二天，柔佛苏丹阿拉乌丁二世也向明军投降了。作为最强大的海军力量拥有者大明帝国，开始向马六甲以及马来亚诸岛移民。
为了给马六甲这条黄金水道打上大明军队永久占领的印记，大明不远万里运来红色的砖石，沿着马六甲河口两岸修建了一组组大明特色的红色建筑，或做为大明学校传播文化，或做为大明衙门行使统治权力，如今这一座座被称作大明县衙的建筑，历经数百年岁月风霜的洗礼，依然矗立在马六甲河口，仿佛向人们诉说着它昔日的权威和辉煌。
大明控制马六甲海峡后，采取了更加强硬的手段，要求过往商船缴纳通行费。许多南下的商船为了逃避巨额“买路钱”，不得不避开马六甲海峡，绕道苏门答腊岛南部，使得进入马六甲海峡的商船减少了许多。
马六甲河口常年泥沙淤塞，原有的深水良港，已不能停靠大型船舶了，经过马六甲海峡进入印度洋的商船就更少了，渐渐地昔日商贾云集、千帆竟渡的马六甲失去了曾经的繁华和兴盛。
这时，大明的官员对马六甲江河日下的港口贸易早就失去了兴趣，将目光转向了漫山遍野的原野，他们种植了大量的橡胶林。同时，开发被称为“黑金”的锡矿，为了弥补当地劳动力的不足，大明从中原等地大量移民，并从南北印度行政区雇佣了大批劳工，对马六甲的自然矿产资源进行开发和开采。
同时，大明开始设立马六甲总督和马来亚省。大明联合舰队一起向新兴的亚齐王国舰队发起攻击。
大明舰队全歼亚齐舰队，占领了彭亨，在马根都希建立新省会。柔佛大区占据了马来半岛大部分、廖内群岛和苏门答腊的望加锡、监篦、硕坡的广大地区。大明征服马六甲后，从这里得到矿产、木材、香料、黄金、珠宝和大米。尤其是从东南亚进口的锡矿石和大米对大明经济意义重大，前者可以用来制造铜钱和器皿，后者是供给闽粤居民的粮食来源。通过向东南亚出口或转口，大明的制瓷业，纺织业，制茶业和造船业以及工业盈利甚巨。更重要的是，大明在东南亚海洋的活动，从而建立自己主导下的大明—东南亚体系，为自己拓展了一个的巨大的生存空间。
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