有三个人引起了哈利的注意：新的喜欢虚荣的黑魔法防御术老师吉德罗·洛哈特、喜欢摄影的科林·克里维、一直仰慕哈利的的可爱女孩——罗恩的妹妹金妮·韦斯莱。
但是，当密室打开之后，学校里面变得一团糟，袭击事件接连发生，有些学生竟被变成了石头，凶手是谁一直无法查出。相传，学校创办人之一萨拉查·斯莱特林曾经在学校里面建造了一个隐藏的密室，只有他或者斯莱特林的继承人才知道如何并可以进入，这个密室是为了清除学校中血统不纯的学生而建造的。一时间，人们纷纷认为哈利波特是斯莱特林继承人，是凶手，尤其是哈利是一个蛇佬腔(可以和蛇说话，而蛇正是斯莱特林的象征)之后，大家更是这么认为。而整个故事的主线就是，哈利、罗恩、赫敏三个人寻找密室的入口和真正的斯莱特林人。
袭击事件接连发生，包括赫敏在内的有一些学生被石化，送往医院。一天，金妮被抓进了密室——学校里面的一段墙上留下了“她的尸骨将永远留在密室”字样，危急的时刻到了。
在罗恩的帮助下，哈利终于发现了密室的入口，并且成功进入了密室，而他发现，打开密室造成袭击的人是金妮，不过金妮是被控制了而做出这种事情的，是伏地魔(斯莱特林的继承人，史上最为邪恶的巫师控制了她。伏地魔在上学的时候名字叫做汤姆·里德尔，他的一个魂器汤姆·里德尔的日记使金妮受到了控制。
汤姆·里德尔存在日记中的灵魂由于偷去了金妮的生命而强大起来，他放出了蛇怪(能够使人石化的怪物)对抗哈利，千钧一发之时，阿不思·邓布利多的凤凰福克斯为哈利送来了戈德里克·格兰芬多(学校创始人之一)的剑，福克斯啄瞎了蛇怪，使它无法石化哈利，哈利用剑杀死了蛇怪。汤姆·里德尔败阵下来，金妮恢复了生命，魂器日记被哈利毁掉。这本日记是卢修斯·马尔福在开学之前偷偷藏在金妮的书袋中的，但是哈利不掌握能证明这一点的证据，不能指控卢修斯·马尔福，哈利把一只旧袜夹在残破的日记中交给卢修斯·马尔福，卢修斯非常生气，顺手把装有日记连同其中的旧袜子抛给了他的家养小精灵多比，按照传统惯例，主人把衣物送给家养小精灵代表给予它们自由，因为袜子好歹也算做衣物，所以多比就自由了，它非常感激哈利。
吉德罗·洛哈特其实只会吹嘘、没有真正本领这一点被哈利和罗恩发现，当吉德罗想要加害于他们时却因为误使了罗恩的损坏了的、会回火的魔杖而令自己失忆，后来一直生活在医院中。显然，他不能继续担任黑魔法防御术老师。
学期快结束了，斯普劳特教授培育的曼德拉草成熟了，救活了所有被石化的同学，海格也被释放了。哈利在霍格沃茨度过的第二年在惊险中度过了。58xs8.com