顾命八大臣全部去职，军机处原来的五个组成人员中，除了一个文祥外，就有四个在顾命大臣之列，所以作为中央政府的行政中枢，此时的军机处事实上已经瘫痪。当然人事安排的根本原则是早就定了的，那就是这个新政府班子必须是以恭亲王为首的，这也是慈禧太后与恭亲王之间的“交易”所在——恭王既已实现诺言，全力将顾命八大臣以及他们所代表的制度推翻，把两宫太后扶上垂帘听政的宝座。现在“革命成功”了，就该两宫皇太后来兑现自己的承诺了。
因此恭亲王无可争议的成为了新政府的首脑，也就是俗称的“军机领班”。但光是个“军机领班”，也还不足以“酬庸”他的劳绩，于是又想出个名目，那就是“加授议政王”，以示皇太后皇帝对恭亲王的“倚重之深”。
为什么不直接封个“摄政王”呢？因为大清世祖章皇帝顺治即位之初，他的十四叔多尔衮就封的是摄政王，后来还嫌不过瘾，干脆来了个“皇父摄政王”。奕欣没当上摄政王有两个原因，第一个原因正是考虑到多尔衮的前车之鉴，多尔衮虽然权倾一时，是个真正的“无冕之皇”，但其身后的下场却实在不太好。他刚死的时候甚至被追尊为“成宗义皇帝”，可是仅仅一个月后，他就遭到顺治皇帝的彻底“清算”——不但废黜刚给他的皇帝尊号，还被削去原有睿亲王的封爵，甚至黜去爱新觉罗的宗籍，贬为庶人。直到乾隆年间，才被部分“平反”。有这样一个“摄政王”的先例在，恭亲王自己就无论如何不会对“摄政王”三个字感兴趣。还有一个原因，“摄”者“代”也，摄政王就是代行天子之权。如今皇太后既然临朝听政，代行天子之权的自然就是皇太后了，因此恭亲王也只能“议政”，不能摄政。
不过此时两宫皇太后、尤其是慈禧太后，对朝廷的人事并不熟悉，几乎就是“睁眼瞎”，想插手也无从下手。满朝文武谁的资历背景怎样，谁的德行才能怎样，她都不了解。内阁奉上谕所宣布的这个军机处新班子组成名单，完全是由恭亲王一手拟定的。分别是加授议政王在军机处行走，和硕恭亲王奕訢、太子太保文华殿大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝鋆、户部左侍郎文祥、鸿胪寺少卿曹毓瑛，一直蹦达的很欢实的周祖培，因为根本不是奕欣的人马，被排除在了名单之外。
慈禧太后对这个名单很不满意，不过也是没有办法，总不能把肃顺再弄回来。因为这六个人中，把恭亲王除外，起码有四个人一眼就能看出与恭王的密切关系。首先打头一个的文华殿大学士桂良，他就是恭亲王的老丈人。唯一一个由“旧班子”留任的文祥，则跟桂良同旗同族。文祥虽然也是旗人中极其少见的能员，但此时受到重用，却一定是出于桂良的引荐无疑，而且对付果兴阿的主意都是他出的，明显早就和恭亲王有默契。再一个宝鋆，这个人好像没什么本事，但他跟恭王的私交非常的好，好到可以在大庭广众之下随便开玩笑的地步。至于曹毓瑛，还在承德当军机章京的时候，就与恭王有机密书信往来，为政变的成功立下汗马功劳，明显是奕欣安排在军机处的卧底。此时恭王论功行赏，就让他取代原来“肃党”的焦佑瀛，成了“打帘子军机”。最后就剩下一个沈兆霖，身份还算是比较“中立”的，不过背地里是不是奕欣的人也很不好说。
奕譞把果兴阿搀和进来的消息带回了北京之后，两宫和奕欣还真慌乱了一阵，但也很快稳了下来。等慈禧和奕欣对如何应该果兴阿已经有了成算，立即便以迅雷不及掩耳之势，开始了对七个“阶下囚”和一个在逃犯的彻底清算，一点也不拖泥带水。咸丰十一年十月初二日，肃顺还和果兴阿在河西务矫情的时候，慈禧和奕欣便谕令热河都统春佑，将肃顺在热河的财产“密速查抄”，“毋令稍有隐匿”，同时再传谕将肃顺“在京家产，著即派西拉布前往查抄，毋令稍有隐匿”，这还只是第一步。
第二天，就由内阁牵头，恭亲王亲自主持，召集六部、九卿、翰、詹、科、道，在宗人府开会讨论对顾命八臣的处置。载垣、端华、肃顺三人都系爱新觉罗家族的近支亲贵，也就是“宗人”，因此，若按律处置，这个会议应该有宗人府官员参加。但载垣被捕前是宗人府“宗令”，也就是皇族的族长，两宫和奕欣为“公正起见”，所以未令宗人府与会。
由于要处置的毕竟是大行咸丰皇帝临终顾命之臣，因此几乎所有当朝重臣都参与了这个“历史性”的会议。惟其如此，定罪和处分也久议不决。主要大概有两种意见：一种意见是主张持重，这部分人中有的是顾及祖制和大行皇帝遗命，因为无论八臣怎么跋扈，到底也是大行皇帝的托孤之臣。如今大行皇帝尸骨未寒，就要杀托孤之臣，不但于心不忍，而且也显得继位的嗣君丝毫不给皇考大行皇帝留余地，不是为继者之道。
有的则是念及为首的载垣、端华二人乃是世袭罔替的“铁帽子王”，符合朝廷“议亲议贵”之条，况且清朝开国至今，还没有公开杀“铁帽子王”的先例。当然也有人颇能对肃顺看法持平，认为他虽然狂悖跋扈、目中无人，但对朝廷的莫大贡献也是有目共睹的。尤其是他一手维持的、以曾国藩为统帅的湘军，刚刚从太平天国手里夺下长江第一重镇安庆。安庆是太平天国首都南京的最后一道屏障，夺回安庆，则打下南京也就是指顾间的事了。此正当肃顺功劳彰显的时候，却被处以极刑，难免会让局外人想起“兔死狗烹、鸟尽弓藏”的话来。也说不定就会寒了前方浴血奋战的湘军将领的心，再激出什么意想不到的变故，局面就真的不好收拾了。而且要处置顾命大臣这样的重臣，不征求曾国藩等前方重要疆臣的意见，也实在很难说得过去。更要命的是这里面还搅和了一个果兴阿，固安军陈兵京畿，随时都有可能动武兵谏，处置肃顺也不得不考虑果兴阿的态度。当然这样的意见，此时也只是腹诽而已，当此情势，是无论如何不能拿到桌面上去讲的，否则就会有“附逆”之嫌。总之这部分人是主张从轻处罚的。
还有一种意见则是主张对顾命八臣、尤其是对载垣、端华、肃顺三人，进行严厉处置。这部分人中大多数是不满肃顺等人的跋扈，当然也有些人是揣摩到慈禧太后和恭亲王有必欲置肃顺于死地的意思，“闻风希旨”，拍皇太后和恭亲王的马屁，对肃顺落井下石。更有一种人是公报私仇的，肃顺为政的风格严厉，得罪了很多人。咸丰八年，肃顺处理“顺天科场舞弊案”时，就曾经坚持杀了当时的文渊阁大学士、军机大臣柏葰，柏葰的门生故吏众多，这些人当然对肃顺恨之入骨，比如参加这个会议的刑部尚书赵光，就是柏葰的门生。刑部掌管“秋曹”，所以赵光的意见当然至关重要，他强硬坚持要杀掉肃顺，为他老师报仇的意思，几乎是尽人皆知的。而主持会议的恭亲王以及大多数王公大臣都并不反对，那些隐隐为肃顺抱屈的人，也就无可奈何了。所以会议的结果，是给载垣、端华、肃顺三人拟了个凌迟处死的处分，也就是老百姓通常说的“千刀万剐”。其余景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛诸人，皆拟革职，并发往新疆效力赎罪。
恭亲王将这次中央政府各部门联席会议的结果上奏后，两宫皇太后立即批准，并正式颁布上谕，公告天下。因大清有一个不成文的规矩，就是历来臣下所拟的给犯罪大臣的处罚，都要比最后该大臣所得到的实际处罚要重。以便于皇帝在做最终裁定的时候，“充好人”来减刑，以示“皇恩浩荡”，而且“恩出自上”。对顾命八臣的处罚就是玩的这个把戏，原来会议给载垣、端华、肃顺三人拟的都是凌迟处死，现在“加恩”改为载垣、端华自尽，肃顺斩立决。给景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛拟的都是发往新疆效力，现在也“加恩”改为景寿仅仅革职，仍留公爵和额驸品级。其余四人中，也仅穆荫改为发往军台效力赎罪，其余三人均免其发遣。
其实这道上谕对八臣的处置，很有些门道，最倒霉的莫过于载垣、端华二人，他们本可以不死。因为这两人都是世袭罔替的铁帽子王，大清开国至今，还没有杀铁帽子王的先例，为“国体起见”，也应该赦其死罪。而且端华直到被捕前都还兼着镶蓝旗的旗主，处置稍有纰漏，清朝统治的根基——满洲八旗都可能会有分裂之虞。但慈禧太后与恭亲王既执意要置肃顺于死地，就不能不杀载垣、端华二人，因为在顾命八臣中，他们的排名在肃顺之前，如果免了他二人的杀身之祸，肃顺也就断无死理，所以载垣、端华二人实在是受了肃顺的拖累。
还有一个既倒霉又幸运的人物，就是景寿。说他倒霉，是因为他是个老实人，自己本没有什么主见，这个顾命大臣的职位，纯粹是被肃顺拉来凑数的，简直就是个“冤大头”。拉他凑数的目的，既是为了平衡近支宗室不在顾命之列的缺陷，又是为了掩盖肃顺独揽大权的事实，因为他是恭亲王同母的嫡亲妹夫。可以说当初他是糊里糊涂的当上顾命大臣，现在又糊里糊涂的跟着受了处罚。但也正因为他是恭王妹夫的身份，所以相对来讲他也很幸运，因为慈禧太后与恭亲王自然会对他网开一面，因此在八臣中他所受的处罚最轻。
还有一个倒霉的，就是位列军机大臣之首的兵部尚书穆荫了。此人为官颇为谨慎懦弱，但惟其谨慎懦弱，才以军机大臣领班的身份，被肃顺一路挟持。虽然上谕中也承认他是受到肃顺等人的“钳制”，因而“有难于争衡之势”，认为“其不能振作，尚有可原”。但因他是军机大臣之首的身份，对肃顺的所作所为负有“不可推卸的责任”，所以被发往军台效力赎罪。
顾命八大臣中最幸运的一个，当数杜翰了。杜翰的才具并不在肃顺之下，在八大臣中的实际地位也仅次于肃顺，肃顺的很多主张其实都出自他的谋划。按理他也应该是个“斩监候”的罪名，至少也应该是个充军的处分。但他的父亲是咸丰皇帝的师傅杜受田，所以在皇太后无论如何，都不能重惩于他。咸丰皇帝当年之所以能战胜六弟恭亲王登上皇位，杜受田厥功至伟，所以咸丰皇帝待“杜师傅”极厚。如今在两宫太后、尤其是性格忠厚的慈安皇太后，念及“杜师傅”对大行皇帝的恩德，推恩及子，自然不忍治杜翰以重罪。而在恭亲王，为了避免给人以“打击其子以报复其父”的印象，自然也不敢重惩杜翰。所以杜受田泽及子孙，杜翰算是“不幸中的万幸”了。
其实还有两个隐藏的幸运儿，就是匡源和焦佑瀛。两人之所以获罪不重，仅只革职，并不是慈禧太后与恭亲王仁慈，而是多少沾了景寿、杜翰两人的光。因为如果要重治他们，则景寿与杜翰就无论如何说不过去。
上谕明发，公告天下，已经在押的七人立即执行，潜逃的肃顺则在捕获后再行正法。与八大臣的惩处一起发布的，还有对果兴阿的处置，果兴阿成了叛逆，固安军成了叛军。而且果兴阿的罪过比八大臣还大，直接被定性成了造反。上谕中没有一句要果兴阿迷途知返的话，反而要求各地兵马，立即剿灭固安军。58xs8.com