本来空白灵魂的洪流中，出现了一个个携带着大量记忆和情感信息的灵魂。这些灵魂的数量起先很少，不过在片刻间，就增长到以万为单位的数量级，简直就像开了闸的洪水一样，到最后甚至占据了一半‘流量’。
“外面发生了什么事情？为什么突然间会有怎么多人死掉？”高飞一头问号，不过很快他就想明白为什么会这样了。碇唯要改造的对象，是全体人类的灵魂，其中最为核心和关键的，自然是那些还活着的人类的灵魂。他们才是改造的重点所在，人类延续的基石。
高飞不知道碇唯是怎么做到这一点的，也没工夫深究，他只要做好属于自己的‘工作’就好了。
对‘活人’的灵魂进行改造，其难度比改造空白灵魂难上好几倍。因为高飞不能改变其所携带的信息，也不能让他的记忆和感情影响到对方，两者间即不能太过靠近也不能太过疏远。
距离必须控制在一个合理的改造区间内。这对控制力入微等级的高飞来说还算轻松。不过还有另一个很大的问题……原本如果是碇真嗣的话，意识沉睡之下，自然能够免去不良信息的入侵。
但现在换成了高飞，作为整个改造的中枢，他承受了全部灵魂的洗礼。已经忘了睡觉是什么滋味的高飞自然不会以这种方式躲避信息的轰炸，所以高飞选择了正面硬撼，把所有信息一概来者不拒的接受了。
这可是人类的所有记忆和情感，内部蕴含的信息是何等的庞大，几乎堪比杰诺瓦世界的生命之河，高飞居然想要以‘一人之力’吞下，这难度不是蛇吞象的等级，而是蛇吞地球！
每一次改造，就相当于让高飞经历一次轮回。他会把那个灵魂的所有经历再走上一次，甚至连对方的每一个想法和念头，高飞都能清晰的感觉到。
幸好有着十万个思维，高飞才能勉强应付过来。不过从另一方面来看，高飞在同一时间内就必须经历十万个轮回，简直匪夷所思，不可思议到了极点。
“我是谁，我可是高飞，这世界上没有什么事情是我做不到的！”为了尽可能的减少对‘未来的变化’，高飞算是彻底拼了。
其实这个时候，他可以叫醒小白，让它来吞吃掉没有的信息。不过高飞并没有那么做，是因为他的直觉在告诉他，这些看起来毫无用处的信息，对他非常有用。结果也如他的直接所料，每一次轮回，高飞都会有新的人生体悟，这些感悟不断汇聚积累，让高飞受益匪浅。
“咦，没想到葛城美里居然有那样的过去啊！哇，赤木律子居然暗恋碇司令，这可是一个大新闻啊。”
苦苦承受‘无尽轮回’的洗礼，高飞犹如惊涛骇浪中的礁石，即便如此，他还是苦中作乐，偷偷看起了别人的记忆。话说，从第三角度经历一个‘女孩子’的人生，还能时时偷窥他们的想法，那滋味……不足为外人道也。
自从神之境界瓦解，高飞历经无我之境，现在颇有种返璞归真的味道。别人看去，他现在就和普通的高中生也没什么区别，除了聪明点外。在情感方面，高飞终于算是接近普通人了。
“糟糕，精神核心的‘内存’居然要慢了？！怎么办？要再找个大一点的‘储存卡’。”
坚持了大半小时，高飞突然发现他的精神核心已经快要被各种信息填满了。精神力虽然是记忆的最佳载体，高飞的精神核心的容量也是一等一的强悍，但也是有其上限的。高飞这么胡来，能坚持到现在可谓奇迹。
“必须尽快想个办法，对了，明之书！就是不知道它能够导入多少信息。几十亿人份的记忆……”
当初高飞把自身所学全部传输过去，也只填满了明之书的一百多页，可见要写满这本书并不是那么容易的一件事。只是高飞也不知道他能储存的上限，反正试试看，满了再说。
于是高飞开始联系琳芙斯，在她的引导下，凭借精神核心与明之书的契约，源源不断的把大量资讯导入其中。
时间流逝，几小时后，高飞回到自己的美食杰诺瓦身体，睁开眼一看，吓了一跳。原来在这期间，高飞留在身体内压制美食杰诺瓦细胞的小白居然不知何时醒了过来，正控制着美食杰诺瓦细胞变形成史莱姆的样子，吸附在生命之树的树皮上大肆啃食呢。幸好看样子还刚开始，到现在不过啃出一个几立方米的大坑，还没对生命之树造成什么大的伤害。
高飞回到身体后，身体的形状就在t力场的控制下恢复人形。同时高飞意外的发现，他的t力场展现出的防御屏障居然变成了双螺旋的圆柱形。
“是因为受到莉莉丝和亚当的影响吗？”高飞心想，同时展开的正反t力场，也就高飞有这能耐了。虽然他很想立刻把这东西研究个明明白白，不过碇唯的人类补完计划的最终章即将开始了。
这个时候，生命之树已经大到异常惊人的程度。从地面看去，根本看不到它的根在哪，光是树枝就把整片天空给掩盖了，整个树身的高度已经超出大气层来到宇宙真空当中了。
无数枝干上面，长出亿万晶体状的树叶，当初的红莲花，此刻却消失无踪。
“可惜了！”身在大气层外，高飞看起来一点都不受到影响，只是看着巨大无比的生命之树叹息。
这棵巨大的生命之树，受限养分的供给，已经成长到了一个极限，不得不在‘青春期’就迎来它的自我终结。
从树枝的末端开始，生命之树开始崩溃，化作无数血红色的光点，落入红色海洋之中。它上面的树叶，也随着树枝的消失而落向地面。
空白灵魂的树叶落到海洋中消散，而属于活人灵魂的树叶，因为不再受到生命之树的吸引，在身体的召唤吸引下开始返回。
“咦，大海的颜色……”生命之树的崩溃速度相当的快，几分钟内就完全了整个树身的崩解，同时，高飞惊异的看到，海洋的颜色在一点点改变。
原本血红的海水颜色以肉眼可见的速度在慢慢变淡，而且颜色也在向蓝色转变。溶液被生命之树中和了！相信过不了多久，海洋中会再次充满生命吧。
s的会议室，通过卫星看到整个地球变化的众人沉默不语。
“没想到吾人的心愿竟以这种方式完成了！不得不承认，碇源渡和碇唯……”02语气轻松的说道，听起来他好像松了口气，心中大石落地，是心愿得到实现的那种语气。
“恩，吾等被死海书召集，却也被它所限，不得不说，碇源渡干的不错。”01平淡的说道，语气中难掩一丝激动。
看到原本已经死去的冬月心跳和呼吸恢复正常，过段时间就能苏醒过来，01声音忽然一沉：“吾之心愿已了，接下来的世代，不再需要吾等老朽之物，诸位，永别了。愿新生之人类能够抵达神之彼岸……”
说着，编号为01的墓碑暗了下去，消失在黑暗中。其他人知道，这是01主动关闭了自己的电源，终结了自己的生命。这是他们当初就设定好的程序，在选择灵魂数据化的那一刻，他们就有了牺牲自我的决心。
“那就这样吧，吾等使命已经完成，虽然莉莉丝和亚当仍旧没有消失，十一和十二使徒还没现身，但我相信新时代的人类，带来福音的战士们……”02说着，他的墓碑也永远暗了下去。
“就让我们s和神一起进入永恒的沉眠之中吧。”
齐声说完，其他几位高层的墓碑也暗了下去，不再出现。自此，s这个秘密组织彻底销声匿迹，永远消失在世人面前。作为默默为人类付出献身的无名英雄，甚至没人知道他们的存在，也没人知道他们的名字。他们就以这种方式离开了这个世界。
三天后，世界渐渐回到了正常的轨迹上。对于所有人在同一时间看到相同的幻觉以及昏迷事件，几乎所有政府都三缄其口，只是派出一大堆各个领域的专家在各类媒体上发表各种一听起来很有道理，细细分析却是一堆狗屁的言论。
大部分人心里其实还是很害怕的，因为他们并不知道为什么自己会突然看到幻觉，‘昏迷’期间又发生了什么事情。因为未知所以恐惧。
不过有一个巨大的好消息，却是冲散了所有人的恐惧。大海变蓝了！地球上的所有海洋都变回蓝色了。是的，原本一片血红，让人看一眼就心慌意乱的海洋，‘一夜之间’就恢复回原来的样子。
这个变化可是让全世界的人都陷入了狂喜当中，几乎世界各地都在庆祝海洋的重生。大家都恨不得立即开始恢复海洋生态系统的工作，事实上，几个大国在调查研究过后已经开始放养海生动植物了。自从第二次冲击之后，人类就没有这么开心过！大家仿佛都看到未来的希望。
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