调查组的事情，让日本牵扯了不少精力，宋哲得以在这段时间整合各方力量。
中日双方的力量也开始以位于桃园县南部的红毛港溪为默认的分界线，日军轻易不会越过红毛港溪，护台军也不会轻易越过红毛港溪。
宋哲以新竹县为中心，构建军事防线。
首先是各军开始扩编，原来的护台军改编为一师，哲字营扩编为护台二师，敢字营扩编为护台三师。各部当中因为战争原因而伤残士兵，按照伤残程度分配工作。还能够自理的伤兵，去警察局报道。断脚、断手的安排担任教官，负责训练新兵。
不能够自理的，有家人送回家中，由家人照料，没有家人的，进入宋哲刚刚下令设立的军老院当中，不让每一名为了保家卫国残废的士兵流落街上乞讨，凄惨而死。
只是护台军刚刚扩编，宋哲还没有想好谁来担任师长，下面已经闹起来。
陈大耳带着哲字营的人喊，不要做什么护台一师，他们要改编为哲军。
哲军这个称号宋哲也知道，多为外界新闻所称。这种带有深深个人印记的称号不是宋哲独创，在清朝军队中普遍如此。
比如有台湾第一强军之称的栋军，他的创始人便是林朝栋。
又如淮军，虽然不是以李鸿章之名作为称，但淮军下面各营却带有浓厚的主官色彩。春字营：主官张遇春、铭字营：主官刘铭传、鼎字营：主官潘鼎新、树字营：主官张树声。
特别是强军，哪怕军队有了番号，但人人往往以主官名字称之。
比如聂士成所编练的武毅军，在八国联军侵华的时候，人人不说武毅军，而是说聂军。
这事情本来也是寻常，宋哲也不在乎，管你护台军也好，哲军也好，难不成就不是我宋哲的军队了吗？
现在却闹出事情来了，哲字营一直认为自己这一营是跟随宋哲起家的老部下。哲字营名号一出，谁不知道我们比其他部队高上半级的？
陈大耳闹起来，其他军队也不愿意了，大家都是在宋总兵麾下效力，怎么你们可以叫哲军，我们就是护台军了？
这事情把宋哲闹的哭笑不得，最后宋哲亲自施压，哲字营扩编为第一师，这总厉害了吧？原来的护台军只能够委屈为第二师，敢字营改编为第三师。
宋哲自任护台军军长兼第一师师长，护台军参谋长和宪兵部长由小罗伯特·李担任。
冯西山担任第二师师长，从彰化回来的老部下威廉担任第二师参谋长。第三师是以义勇军为基础整编的，这帮义勇军可是比其他军队要桀骜不逊的，宋哲让旧清军出身的王士胜担任，这家伙是老兵油子，有本领能够压住下面的士兵。
原来的敢字营管带吴汤兴、帮带徐骧，分别担任旅长。在造桥庄伏击战中负伤奋战的简大狮被宋哲拉到亲兵队中，同时担任技击总教练。简大狮这样的国术高手，生活在枪炮大兴的年代中，是一种莫名的悲哀，不过作为保镖却非常合适。
一脸五天过去，护台军三个师才勉强成型。
这段时间日军虽然知道宋哲的所作所为，但造桥庄大败，让日军损失非常惨重。正如之前冯西山所分析那般，虽然日军中有六七千人逃离了战场，但这些日军大部分都逃入深山老林当中，或因为喝了有病菌的水，默默无闻的感染疟疾死于山林当中，或因为被毒虫、毒蛇咬到，得不到及时的救治，双目空洞的倒在丛林当中。
即使活着的日军更加多，但他们却悲哀的发现，自己已经迷路了，而且身上的食物却不多。而深山老林别看草木茂盛，真正适合人吃的食物却不多，极度饥饿之下，不少日军士兵开始乱吃蘑菇，结果中毒身亡。
时至今日，二万余日军出征，只有大概一千四百人回到了台北，余者不是埋骨造桥庄一带，就是在台湾的深山老林中。
这次惨重的伤亡，让日军在台湾驻军数量跌到5月9日日军侵台以来最低水平线，偌大的台湾北部，只有区区一万五千日军驻扎，而且不少都是二线守备队。为此南方派遣舰队上的水兵也抽调了一批，组成临时步兵，守卫港口。
这个时候台湾要数刘永福心情最复杂了。
他本来被台湾人寄望为擎天柱，不想和日军没有打过一次战斗，宋哲此人已经横空出世，名为属下，然而威望、兵力之盛，已经远远超过坐拥黑旗军的台湾民主共和国大总统刘永福了。
不知道刘永福作什么想法，在得知造桥庄大捷后，并没有发电报祝贺，反而在五天后发来一封震惊台湾的电报。
已经升任宋哲的文书帮办的安世业此时一脸惊容，拿着电报跑到宋哲来，说道：“大人，台南发来电报，上面大总统说……欲把大总统之位予大人你！”
坐在书案后面处理文书的宋哲眼睛一眯，过了半响，放下狼毫笔，抬头说道：“拿电报来！”
因为发电报不便宜，刘永福这封电报里面也没有太多客套话。直截了当的表示：当日自己也没有当大总统，然军民简称大总统，为事抗倭，不得默认，愿回大将军之位，奉台中总兵为大总统。
末尾还说，已经派台湾民主国的军务大臣李秉瑞带大总统印来新竹县寻宋哲了。
安世业有些茫然，更多的是惊疑不定。“大人，刘永福此举似乎不善啊！”
宋哲看了安世业一眼，带着几分考究的说道：“哦？说说你的看法。”
安世业没有立刻回答，而是沉默半响后，才开口说道：“刘永福虽然表面上是退位让贤，实际上带着胁逼之意。大人如果答应即位大总统，恐怕民间有不少都对大人心存不满，认为大人骄傲自大，更可怕的是大人下面的部下也有类似的想法。”
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