亲帅第一、第二民族军及刘昌林的方面军独立骑兵师，为进疆大军做开路先锋的左宗棠一进哈密城，不仅立即四下出兵清剿哈密周围的残匪，还派出董福祥和祁宝相带着第一民族军的主力，沿马本源的逃窜路线猛追不舍。
而作为光复哈密之战主力的刘昌林骑兵师，却连哈密城内到底都是个啥样子也没来得及欣赏到，甚至还没能在城内舒舒服服地歇上一宿，仅仅就在城外继续地野营了一夜之后，便于次日告别了哈密城，一路马不停蹄地向北疾进，并由南山口翻越天山，出现在巴里坤地区。
马复源本来是收到了他的“国王”兄弟马本源临从哈密撤走前所发来的指令的，按照“国王”兄弟马本源的这个指令，他应该立即撤围镇南城，改向一碗泉及七个子井一线靠拢并与哈密撤出的兵马汇合，然后一起转经古城（奇台）退往伊犁。
不过，马复源却没有遵照他的那个“国王”兄弟的指令行事，因为这一回已经是第二次兵临镇南城下的马复源，尽管又是鏖战了多日也未能攻进镇南城的半步，但还是自我感觉相当地良好。
在他看来，第一次围攻镇南城的人马虽然比起这一次来也少不了多少，但那时候的所谓联军，却无论如何都无法与现在他手中所掌握着的兵马相比。联军毕竟不是一家人，表面上大家好像亲如一家，可只要一到了关键的时刻，就难免各怀鬼胎，看似出了工，却总是不肯出力。
但现在不同。
对于第一次攻打镇南城铩羽而归的种种原因，已经做过了极其认真地检讨的马复源，这一回再从哈密出师之时，不仅带走了“西宁圣军”大半的精锐，还将沙皇俄国盟友恩赐的数量极其有限的新式枪炮，也全部拉了出来。而又由于为了打破巴里坤地区僵局“御驾亲征”的马本源随后几乎是倾巢而出，声势浩大的“西宁圣军”先后在松树塘及镇南城西郊的两次大会战中，大败竟敢出来应战的前清军队，最后迫使遭受重创的前清残兵只能退守镇南城的满、汉两城，整个巴里坤地区，几乎都成了“西宁圣军”的天下。
尽管在这种大好的局势下，太平天**队进疆的消息开始传来，他的“国王”兄弟不得不赶紧窜回哈密巩固老巢，但在马复源的心里，这并不能影响他在镇南城城外的表现，因为他的手里依然还握有近三万的“圣军”大军，而镇南城内的守城军队，却是那些已经被他打得胆寒了的前清残兵败将。
所以，马本源离去后的马复源一心想再接再厉，拿下镇南城，以安慰他的那位年轻的“国王”兄弟的一颗无比忧愁之心。
当然，比起他的那位能跑能颠的好兄弟马本源来，年长的马复源还多了一种不愿意颠沛流离的心态。他想给他的“国王”兄弟，也是给自己赶紧找个安安稳稳的，能过好日子的窝。而有着巍峨的天山山脉作依托，进可以攻，退又可以守的巴里坤地区，恰恰正符合了他的这种心态。
镇南城也就成了他的必争之地。
因此，虽然“御驾亲征”的马本源离开了镇南城前线，但马复源却不敢有半点儿的耽搁，继续对镇南城发起了一波更强似一波的猛烈攻击。
此时的镇南城，不仅是整个巴里坤地区的各地前清官员、残兵败将的唯一退守之地，还成了那些已经无家可归了的当地维吾尔族、汉族及一部分回族老百姓们的避难之所。
先前的暴动军联军及这次以“西宁圣军”为主的两次对巴里坤地区的大规模军事行动，对于巴里坤各地的老百姓们来说，都是一场场的巨大的浩劫。
联军时期，个个都是两个肩膀扛着一个脑袋的暴动军们的粮饷，需要从他们的身上找。而到了“西宁圣军”时期，又由于天气已经开始渐凉，既缺少粮草，又没有更多御寒之物的“圣军们”，则就不仅仅是要砸缸摔罐地搜**净老百姓们的每一粒粮食，拉走所有的牛羊马驴等牲畜，还要抢走原本属于他们的一切。
尤其是位于镇南城周边的地区，老百姓们就更是悲惨，甚至整座整座的村落都被“圣军们”焚毁殆尽，数以千百计的百姓们，则成为了“圣军们”的刀下冤魂。
马复源绝没有想到，正是由于他们的这种完全丧失了人性的疯狂，逼迫得那些无助的老百姓们，最终选择了坚壁起一切财物，丢掉地里的庄稼，赶上所剩无几的牲畜，要么躲进山里，要么跑进了镇南城，最终又成为了抗击他们的力量之一。
尽管马复源对镇南城施以了百倍的疯狂，但被他们的倒行逆施激发起了无限义愤的镇南城中的军民，则是愈发的同仇敌忾，满、汉两城互为依托，协同死战，始终也不让马复源把脚伸进镇南城半步。
不过，马复源仍然并不气馁，相反，他好像还看到了希望。
他所主攻的对象镇南城的满城，如今的城垣已经多处被轰塌，尽管他的“圣军”将士还被阻挡在城下，但他明显地感觉到了来自城内的反抗，比起以往来已经没有那么的猛烈了。
而更为主要的是，在刚刚为了支援危急的满城，汉城所发起的一次突然的大反击中，他虽然失去了一次打开镇南城满城大门的大好机会，但却给予了胆敢出城反击的汉城前清兵马迎头一击。
在这次难得的面对面的大砍大杀中，开始时被打得很晕了一阵的马复源借助兵力上的优势，不仅很快就稳住了阵脚，还死死地纠缠住了一部杀出城来的前清绿营兵及民团。
为了使已经达到了目的的反击兵马，尤其是与自己一块被堵截在城外的自愿出城参战的民团再更多地安全撤进汉城，绿营副将陈升恒率领二百余绿营官兵在团团围裹上来的“圣军”中拼死冲杀，最终全部殉难。
有了这样的绝对优势局面，也就难怪马复源舍不得放弃这个“唾手可得”的镇南城了。
于是，决意要拿下镇南城再说的马复源，一面继续毫无休止地死啃镇南城，一面为了防备万一，还迅速在松树塘及南山口一线布下重兵，扼守住哈密进入巴里坤的关键通道。
可惜的是，马复源这次算计错了。他忘了，他所防备的对象可不是通常的军队，而是太平天国的工农红军。
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