在抢滩过程中新唐军付出了一定的伤亡，随着向内陆挺进，日军抵抗所起到的效果越来越差。原因在于，新唐军队已经适应了在热带海域进行的岛屿登陆战，对攻击坚固工事积累了丰富的经验，调整了攻击战术和火器配置。与之相对应，每次战役都是全军覆没的日军根本无法总结经验教训，如果不是新唐帝国的报纸披露的那一点消息，日军甚至不知道那些损失的部队遭到了什么程度的打击。因此，日军的防御措施和战术还是和刚开战时一模一样，没有丝毫变动，对此烂熟于心的新唐军队不能说打的得心应手，也称得上是稳步推进，伤亡数字在能够接受的范围之内。
7月15日，新唐军航空兵偷袭日军在班达群岛上的几座机场，虽然被及时发现，但一波又一波的攻击机群将日军彻底压垮，不仅航空兵全灭，防空炮兵也遭受了巨大的损失。
与此同时，新唐舰队也开始炮击班达群岛的主要岛屿布鲁岛和塞兰岛，日军惊恐的发现，新唐军队已经楔入至东印度群岛大约一半的纵深。为了阻止新唐军队的进一步突破，日军多方抽调组织航空兵力准备与海防舰队一起发动反击。
17日，第14海军陆战师登陆布鲁岛，当天夜晚，日军就开始了反击。12艘澳洲造船厂建造的小型潜艇率先袭击新唐军的运输船队，由于性能上的限制，并没有取得理想的战绩。次日，700多架日军战机分批次空袭新唐船队和布鲁岛上的新唐军队。游弋于附近的航母舰队的海军舰载航空兵，苏拉群岛上驻扎的海军陆基航空兵，苏拉威西岛北部的陆军航空兵（由于距离太远，陆军航空兵的战斗机都挂载了副油箱，奔赴战场时用副油箱的油，遭遇敌机时抛掉副油箱进行空战，机内燃油的装载量足够空战或巡逻以及返程所用）则出动大量战斗机进行护卫作战，整整一天的空战让唐日双方的官兵们叹为观止。
三天的大规模空中作战，虽然日军又增调了200多架战机，还是没有取得空中优势。损失惨重的日军航空兵不得不采取零散攻击的战术，却同样一败涂地。这几天的夜晚，日军潜艇和鱼雷艇频繁出动，对新唐船队发起了多次攻击，却在护航舰队的努力下收效甚微。日军没有达到作战目的，除了100多架战斗机，新唐军队并没有什么损失，日军苦心积聚的海空兵力却消耗一空。
澳大利亚的军工厂生产了大量的战机，所以日军的战机数量是足够的，问题出在没有足够的飞行员，飞行员不是流水线可以生产出来的。
战争爆发后，自恃军力强大的日本帝国没有及时扩大飞行员的培训规模，导致在几次大战役中均遭惨败之后，飞行员损失严重，每年新补充的远少于损失的。为了加快培训速度，日军不仅缩减了培训科目，还降低了结业考试的难度，此举造成日本飞行员的素质严重下滑，战损率进一步提高。
比如这次为期三天的大规模空战之后，损失了大量飞行员的日本帝国南方军不得不加大飞行员培训的规模，缩短培训周期，最近一届的飞行员全部提前毕业，立即分配到作战部队。这些目光短浅的应急措施遭到了航空学校方面的强烈反对，可毕竟这是日军南方军司令部的命令，，，
8月4日，班达群岛陷落，日军的东印度群岛防线被扯开一道大口子。新唐军队在苏拉威西岛北端的万鸦老和班达群岛的安汶设立了两个大型补给港口，这意味着新唐舰队在东印度群岛就可以得到充足的休整与补给，而班达群岛上的3座大型机场则成为新唐军队投放空中力量的基地。
13日，新唐军队登陆东南群岛，31日，登陆西南群岛。到了9月11日，新唐官兵已经南望阿拉弗拉海。东印度群岛东部被新唐军队凿穿了，几十万日军被分割成东西两部分。
从阿拉弗拉海往南，就可以直接抵达澳洲大陆，日本帝国的南方基地暴露在新唐军队的枪口下。然而，要想登陆攻占面积达700多万平方公里的澳洲大陆，没有一个巨型的出发基地显然是不行的，几经选择，终于确定要攻取新几内亚岛。
就在攻击即将开始的时候，迫于陆军部分传统将领的压力，新唐军队暂时将进攻矛头转向了原来被跳过的奥比群岛，占领这座群岛，确保东印度群岛新唐军队唯一的海上补给线——马鲁古海峡的绝对安全。为了消灭群岛上驻扎的将近4万日军，耗费了新唐军队1个月的时间。
10月20日，新唐舰队突入伊里安湾，开始炮轰湾内左侧的温德西，新几内亚岛上的30多万日军全部进入战备状态。10月23日，四个海军陆战师在纳潘和乌塔发起登陆，深知新几内亚岛不容有失的日军激烈抵抗，在付出了三四千的伤亡代价后，新唐军队建立了滩头阵地。
入夜，日军以坦克装甲车为先导，集中了大量的火炮，向在纳潘登陆的2个海军陆战师发动大规模反击。一整夜的激战，日军最终还是没有达成将新唐军队赶下大海的目的，于天亮前及时撤退了。
新唐军队的陆军部队源源而至，很快将新几内亚岛西北部的半岛地带拦腰截断。在消灭了被孤立的7万多日军后，新唐军队又攻占了伊里安湾北部的实珍群岛和距离东南群岛500多公里处的多拉克岛。持续作战很长时间的新唐官兵进行了短期的休整，大量的军事工程建设则加紧进行。
12月9日，新唐军队从三个方向同时发起进攻，到393年1月4日，新唐军队推进至查亚普拉——马老奇一线。此时，澳大利亚的日军航空兵已经能够直接打击新唐军队了，即使有强大航空兵的掩护，不堪其扰的新唐军队也被迫暂时停止了攻击。
在新唐海军航母舰队摧毁了澳大利亚北部约克角半岛上的日军机场后，日军又采取了新的战术，每天都有运输机群往返于澳大利亚和新几内亚岛东部，不过这一行动很快被新唐海军阻止了。机动至巴布亚湾南部的第四舰队出动航空兵对日军运输机群进行了有效的拦截，在损失了100多架运输机后，日军被迫停止了补给行动，新几内亚岛上的日军余部被完全孤立了。
在漫长痛苦的30多天后，新几内亚岛终于被新唐军队攻陷，日本帝国的南方基地澳大利亚暴露在新唐军队面前了，即使在东印度群岛的西部区域还有好几十万日军，那也无济于事。
得手后的新唐军队再接再励，相继攻占了新几内亚岛东部的俾斯麦群岛，新不列颠岛，布干维尔岛，诺曼比群岛。
4月27日，进行了整整11个月的东印度群岛战役终于落下了帷幕。原先的作战计划是只要在重要岛屿上夺取作战基地极可，但后来考虑到登陆澳大利亚需要动用大量的部队，将几十万日军扔在身后两侧显然不合适，因此新唐军队最终还是采取了突破一点，横扫一片的战术，逐步清除了东印度群岛东半部的几十万日军。
紧张备战的澳大利亚已经利用这段时间作好了充分的战备，困守家门的日本帝国南方军能够支撑多久呢。。。58xs8.com