太平军兴，与之长期缠战，从广西直追至天京城下的向荣，所部主力，皆是绿营，而其所用乃是黑旗（《向荣奏稿》卷一、卷四）；1854年，广东天地会围攻广州省城，与之交战的清军虽有团练和驻防八旗在内，却主要是绿营，但使用白旗而非绿旗；而到了1867年，云南大理杜文秀攻昆明府，守城清军（有绿营也有勇营）却都张红旗，以至“红旗”成了云南当时称代清兵的简称，1872年杨玉科围大理，杜文秀部将杨荣谋献城投降时，便对文秀道：“如大元帅出城，顾其一切老小，红旗进城，留得油香根在。”（马绍安：《十八大司纪事》）。
与之相反的是，同期的奏稿、方志、公私文牍中，却反倒很少有清兵使用绿旗的记载，如果说这是因为绿营使用绿旗乃是常制，无须载记，那又如何解释同期的太平军多用黄旗，天地会多用红旗，时人笔墨记载，却比比皆是，举不胜举呢？
笔者以为，绿营兵常常使用杂色旗帜而非绿旗，乃是出于战场需要的一种变通。
广东天地会号为红兵，红旗红巾，望之如火，声势浩大，与之对阵的清方有驻防八旗、团练、壮勇和绿营，旗色驳杂，号令不便。鉴于此，清方乃统一使用与红旗色彩对比鲜明的白旗作为标志，以明调度，以便指挥，以分敌我。这样一来，各乡镇树红旗还是白旗，便成为拥清还是反清的标志，如天地会势大时，“红旗既树，四面土妖皆应……乡亦树红旗矣”（赵沅英《红兵纪事》）、“自六月廿日陈开倡乱于佛山，烽烟四起，遍树红旗以响应”（《四会县志》）；而清兵卷土重来时，“各堡之树红旗者，尽转而白”（光绪《广州府志》卷八二），可谓旗色严判，阵垒分明。
在云南与回民军对阵的清军，其主力并非绿营，而是潘铎、刘岳昭等带来的湘淮勇营，众所周知，湘淮军以营为基本建制单位，且以营或数营为单位各树旗色，如新红旗、老青旗等等，但在云南战场上，这些原本使用杂色旗帜的勇营，和本该张绿旗的当地绿营，却都使用统一的红旗为标，这同样是出于明调度、便指挥的考虑。因为回民军不论统属，因其所奉宗教之故，皆张白旗，非惟云南如此，即在陕西、甘肃、宁夏，起事回民也都以白旗为标。清军反用广东前例，统一使用与白旗颜色对比强烈的红旗，也是情理之中的事情。同治八年八月十三日，围攻昆明的杜文秀部下大司疆段成功因与主帅蔡廷栋、李芳园不合，愤而降清，所做的第一件事，便是突然在营垒上遍树红旗；云南地方志里比比皆是的“红旗、白旗之争”和所谓“翻旗”的记载，不但说明了在当时，树红旗还是白旗，乃是举义还是附清的立场问题，也说明了包括绿营在内的清军统一使用红旗，其根本目的与广东清军一样，系在于便利在战场上迅速识别敌我。
至于向荣何以在与“旗分五色，黄帜独多”的太平军作战时使用黑旗，则似乎不可考，但向乃绿营悍将，所部主力湖南镇筸兵也系绿营精锐，以舍死敢战著称，而黑旗在当时为死战之旗，流传颇广的《三元里纪事诗》中便有“黑旗死战难生还”的诗句，其选用黑旗，恐有自矜奋勇以震慑对手并炫耀同侪的意思在内，事实上，太平军早期战事记载中清方旗色很少被述及，而向荣部的黑帜却屡被提起，颇受瞩目，似可作为上述推论的旁证。58xs8.com