碇源堂和冬月自南极运送罗基奴斯长枪回本部。第十使徒在卫星轨道出现，以带AT力场的分体进行攻击，美里打算利用三架EVA直接阻止使徒下降，翌日作战成功，使徒消灭。
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莲及其导师被邀请进驻中国NERV支部参与量产EVA的计划中，参与构建EVA的AI灵魂部分，和取自亚当灵魂作为量产机灵魂的计划同时进行。
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2015年11月上旬
绫波丽在本部深度地底设备中央部试验DUMMYSystem。地深两千八百公尺．最终教条区，加持被美理洞悉了真正身份，加持将天堂之门打开，看见巨人亚当，实际上是LILITH。
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AI灵魂理论正式被用于EVA，量产机计划取消，改为各地生产指向性EVA，六号机作为试作机开始尝试搭载AI灵魂系统。
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2015年12月上旬
第三新东京市伪装迎击系统完成。早上，北美第二支部消失，连带EVA肆号机、S2机关及半径四十九公里的研究设施全部消灭，据知当时在进行S2机关的实验。DUMMYPlug试作型开发完成。
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S2实验的失败致使在构建六号机时没有选择直接性搭载S2机关，而是选择在素体上无显性S2机关，即：还未进行活化的S2机关（无能源效用）。
同时六号机的适格者已经选出，因为直属SEELE委员会，而非NERV，所以不被承认“TheChild”身份。同期，委员会督促下，其他的开发中的EVA适格者也逐渐被选出。
作为华区六号机精神构建者的助手，莲与身为适格者候选人的影第一次见面。
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2016年1月下旬
冬月在地下都市西区第八区失去消息，其被抓去SEELE审问，冬月被加持救回，下午，加持被枪杀身亡。谍报部认为加持是绑架事件主谋者，美理受到侦讯。
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六号机的素体构建完成，另SEELE最后一架EVA开始生产，E系列进入完全开启阶段，除试验用六号机外，已有三部EVA搭载SEELE掌握的亚当灵魂成功。
负责AI灵魂系统的主负责人因长期劳累病逝，莲正式成为华区技术科负责人，并继续六号机的实验。
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2016年2月中旬
十六使徒来袭，零号机自爆与使徒同归于尽，零的遗体在插入栓中发现,律子命秘密处理,但零毫发无伤，其实已经是第三个零了。几天后，美理解开胶囊，决心继承加持的心意，追查补完真相。律子破坏DUMMYSystem。
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六号机主体建成，搭载“Blade”实验用系统完成，灵魂构建进入最后阶段，委员会对AI灵魂系统的结果表示期待。
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2016年2月下旬
明日香失踪，七日后，被谍报部二课寻回。第五适格者．渚薰抵达NERV，真嗣对熏产生好感。同日，同步测试中，薰可以和未改写核心的贰号机同步，令众人惊讶。翌日，美理知道薰能自由设定与EVA的同步率。途中薰薰同化贰号机，展开超强大AT力场，形成结界，掩盖所有探测。零亦展开同等力量的AT力场，中和结界。是最后使徒――熏，直接闯进中央教条区，并将最后防卫线．天国之门开启，但渚薰自愿被初号机杀害。
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所有E系列完成，同期AI灵魂模拟系统完成，六号机搭载完毕。
但启动试验时，发生意外，六号机因精神领域不稳定而发生暴走，实验所发生爆炸，实验设施尽毁，华区第一分部彻底失去作用，虽然最终六号机被适格者启动，但技术科负责人莲于现场引冲击而小腹被残片贯穿，大量输血，现场死亡。
事件后，六号机适格者被禁闭审查，AI灵魂系统被放弃，剩余E系列均搭载了亚当的灵魂。
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2016年3月上旬
美里终于明白第二次冲击的秘密，同期NERV总部司令碇源堂失踪，律子以协助和MAGI完全妥协使用权为代价加入SEELE。
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所有准备用于补完计划的E系列被暂时冻结，SEELE进入调查碇源堂失踪事件，六号机驾驶员，原华区SRT成员影中士审判结束，无罪释放，并委派到总部以回收二号机的名义进行对总部的调查，找出碇源堂失踪可能的内部原因。
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2016年3月下旬
明日香醒来，美里被NERV审查结束，日向和青叶作为总部技术人员同律子一起前往德国进行MAGI数据的转移工作。
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影开始调查秘密调查瘫痪掉的总部，并与第二适格者明日香接触。
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2016年4月上旬
不明的使徒袭来，各个NERV支部均遭受袭击，被SEELE隐瞒的支部也浮出水面，同时各地被冻结的EVA开始反击。
明日香再次坐上二号机以都市一块区域为代价击破使徒。
值得注意的是，貌似亚当的使徒核心S2机关为黑色，而不是红色。
三日后，律子带着身体稳定的绫波返回第三新东京市。
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2016年4月中旬
二号机回收计划中止，影被召回中国支部，不久SEELE开始着手应对复数使徒以及无法掩盖EVA存在事实的事件。
律子提交了MAGI预算的应对策略并被采用。
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2016年6月中旬
经过妥协，SEELE秘密接受了UN高层负责人的审查。
NERV总部迎来二号机和初号机进入长期冻结阶段，MAGI系统提交的方案开始被实施。
同时，关于EVA的零碎信息被泄露，世界舆论泛滥。
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2016年12月下旬
UN方面通过SEELE设置的层层的障碍，第一批UN审查人员介入NERV总部开始调查，各支部也是同样如此，但意外的是，S2技术和MAGI的存在被不知何人泄露，世界一片哗然，对NERV调查步骤更加谨慎。
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2017年4月中旬
最后一批UN人员进入第三新东京市，真嗣，明日香绫波被作为驾驶员单独隔离，但因未成年而按照联合国规定实行保护审查提案。美里作为负责人被严格审查，所有涉及的NERV成员都被监禁。
另一方面，作为幕后的SEELE委员会也没有预料到事情发展的不可控性，只得一再妥协。
同期，进入对总部负责人的审查阶段，并对初号机，二号机开始细致的研究工作，各地的政府军方和联合组织也对其辖区范围内的EVA实施同样措施。
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2017年11月下旬
影作为SEELE协助调查人员前往第三新东京市，与联合国人员接触。
同期EVA存在和用途，NERV组织的作用，被彻底性的曝光世界，各种言论纷纷出现，最多的是NERV私设组织具有大规模杀伤性武器，并有着反人类罪的阴谋论。政府自卫队常驻第三新东京市，美里恢复负责人身份，都市转为精神研究领域和EVA实体研发的基地。
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2018年3月下旬
关于EVA的负面言论逐渐消失到无，普遍出现支持NERV的言论开始增加，UN和SEELE秘密达成某项协议，同时进驻NERV总部的调查组开始撤出第三新东京市，改为委派专项人员进行监视，同时日本政府以协作的名义半接管NERV。
世界各地的NERV支部均受到当地政府限制，国联暗地里掌控SEELE委员会的部分实权。
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2018年4月中旬
绫波，明日香，真嗣根据联合国和日本政府相关规定安置到第二新东京市大学继续就读。
并委派SEELE在第三新东京市协助者影进行监督。58xs8.com