生化危机刚开始悄然爆发的时候并未引起市民的恐慌，大部分市民还按照原来的节奏继续他们的生活，而保护伞公司已经开始转移他们在莱肯市的科研人员，在转移开发T病毒的博士时，他在学校上学的女儿被带走时却遭遇车祸……后续的情节是JILL赶到警察局，并且击毙了一些在警察局中已经变成丧尸的市民，然后和大家一起去了莱肯市的出城检查站，可是因为想要出城的市民中有已经被丧尸咬过的人，并且已经开始攻击人类了，保护伞公司在莱肯市的负责人下令关闭了大门，JILL和其他人只好另找出路，她们躲在教堂的时候遇到了女主角，同一时间保护伞公司的雇佣兵们正在和丧尸们“火拼”而且伤亡惨重，在逃亡的路上遇到了JILL一行人。这时候开发T病毒的博士通过电脑拨通了JILL她们旁边的公用电话，告诉她们，他可以为他们指出逃出城市的路线，条件是JILL她们必须寻找到博士的女儿。她们在救出博士女儿的时候损失了几个伙伴，原来人员只剩下女主角，雇佣兵卡洛斯，JILL，博士的女儿和一个黑人。
而这时候她们也正不断遭受一个名为追踪者的生化兵器的追杀。
她们最终还是被保护伞公司抓住了，并且保护伞公司驻莱肯市的负责人让女主角和追踪者搏斗，俩人虽然同属于保护伞公司开发的生化兵器，但是却属于不同的类型，结果还是女主角更胜一筹，不过两个“人形兵器”却都认出了对方，追踪者其实是第一集结尾中被带走的男子，在追踪者的帮助下，女主角一行人终于赶在核弹爆炸前离开了莱肯市，不过飞机在飞行时因为核爆冲击波的缘故坠毁了。
女主角的“尸体”再一次被保护伞公司找到并送进了实验室，并且被“修理”好了，但是女主角已经失去记忆了，并且开始通过精神能力杀伤周围的科研人员，连实验室的主管也已经被攻击受伤，不过他们还是制伏了女主角，而这时其他幸存者扮成了保护伞公司的高层管理人员从实验室带走了女主角，不过这一切却是这个实验室主管的圈套……\58xs8.com