那克索斯人听到这个消息后，全岛马上行动起来，积极备战，加固城池，储备了充足的粮食。制定了周密的防御计划，等待着波斯军队的进攻。
波斯大军在那克索斯岛登陆，未遇抵抗就将那克索斯的城池围困。面对数倍于自己的敌军，那克索斯人毫不畏惧，顽强地反击着波斯人的进攻。波斯人经过4个月的进攻，未能踏进那克索斯人的城池半步。时间久了，军心开始浮动，加之粮草将要消耗殆尽，阿里司塔哥拉斯便开始考虑撤军的问题了。但在走之前也得将那些投靠他的那克索斯贵族安置好，经征求那些贵族的意见，阿里司塔哥拉斯命人在岛上给这些贵族建造了一座城堡。然后，阿里司塔哥拉斯便率军从那克索斯岛灰溜溜地撤出。
这次远征那克索斯的失败对阿里司塔哥拉斯来说可是赔了夫人又折兵。他不仅仅损失了大量兵力和财产，还在那克索斯贵族面前丢了脸，撒尔迪斯省总督阿尔塔普列涅斯也开始不信任他了，更为可怕的是他得罪了波斯王大流士的亲弟弟美伽巴铁斯。心想：说不定哪一天大流士听信了美伽巴铁斯的谗言，将自己免职或者杀头。越想越害怕，阿里斯塔哥拉斯心想不如先下手为强，反了得了。正在阿里斯塔哥拉斯既想谋反，又惧怕强大的波斯帝国的时候，他的叔叔也是舅舅、前米利都僭主希司提埃伊欧斯从苏撒派人来了。当阿里斯塔哥拉斯按照来人的说法将该人的头发剃光时，发现了当初希司提埃伊欧斯离开米利都追随大流士到苏撒时他们二人商定的让米利都起义的记号。因为希司提埃伊欧斯对大流士给予他的近乎软禁的生活非常不满，但又敢怒不敢言。于是就希望米利都能发生对波斯帝国的叛乱，这样他就可能被大流士派回去平息叛乱，重新当上米利都僭主，过无拘无束快乐的日子。由于他受到波斯人的严密监视，便将他最信任的一个奴隶的头发剃光，在其光头上刺上谋反的记号，待这个奴隶的头发长起之后，希司提埃伊欧斯就派他回米列都去面见阿里斯塔哥拉斯。58xs8.com