袁崇焕历数毛文龙十二大罪状后，随即宣布革除毛文龙一切官职，并下令辽东各地进行缉拿。随后向东江各官等问道：“毛文龙的罪状可明否？”各官唯唯，没人答话。又问众兵，同样也唯唯无辞。只有几个毛文龙门下私人，称其数年劳苦。袁崇焕当即厉声斥责道：“毛文龙此人不过就是一个匹夫罢了！因他守卫边疆，官至都督，满门封荫，酬劳足够了吧！而他竟然敢欺骗圣上，欺骗朝廷，简直是无法无天！我们要五年平奴，就要奉行列祖列宗制定的国法，今日毛文龙见机不妙，逃之夭夭，正说明他做贼心虚，心怀叵测。来日如抓到他，定要将他粉身碎骨！”
接下来，袁崇焕开始着手整编毛文龙所属军队。对毛文龙的部众，进行核查整编。将水陆共计四万余众官兵分为四协，每协一万人，并将毛文龙的印与剑、以及东江的军政大权，令副将陈继盛代管。随后分赏东江官兵，将带来的饷银10万两，分给各岛官兵。以此安抚军队。并遣散无辜民众，安抚各岛军民，释放狱中无辜，以此来收买人心。最后移咨朝鲜国王，并向朝鲜国王李倧通报了此事。
袁崇焕处理完东江事后，于六月初九，扬帆回航宁远。并立即奏报崇祯。
袁崇焕剥夺东江总兵毛文龙军职，并整编他手下四万军队一事，很快传到了京师，立时在朝廷上激起了轩然大波。要知毛文龙成名已久，也算是一方的封疆大吏了。袁崇焕虽然身为兵部尚书兼蓟辽督师，但如此重大的行动事先应禀报朝廷后才能做处理，他这样仓促的动作将之逼走并夺人兵权显然有些说不过去。当下朝堂内议论纷纷，互相讨论袁崇焕此举究竟是同室操戈，还是为民除害！一时间众说纷纭。
崇祯当然对袁崇焕事先未向自己请示便动手的举动甚为不满，但此时他还需要袁崇焕来为他镇守辽东，驱逐后金军，因此并未对此事对袁崇焕进行追究。只是略表惋惜的安慰了他一番，并叫他继续忠心不二的抗击后金。这使得袁崇焕始终悬着的一颗心终于落了下来，但此时他却不知，由于他这种不顾后果的鲁莽行动不但令崇祯对他的信任度大减，也令多年来追随毛文龙的手下旧部对袁崇焕乃至崇祯都产生了极度的不满。这就好似一个炸药包一般，而毛文龙正是这个炸药包上的导火索。随着袁崇焕气势凌人的将毛文龙逼走，这根导火索也就被点燃了。
崇祯二年八月，山东爆发了以孔有德、李九成为首的兵变。孔有德原是毛文龙的心腹爱将，后来任山东登州参将。在崇祯二年八月受登、莱巡抚孙元化派遣，率八百骑兵六千步军出关援辽。当行至河北吴桥时，由于手下兵勇不守军纪肆掠了村堡，继而产生哗变。孔有德为免朝廷追究，便与李九成等密议，宣布起义叛明。当即率军回师山东，并连陷临邑、陵县、商河、青城诸县城。九月，孔有德回师攻下登州（山东蓬莱），设官置署，他自称“都元帅”、李九成为“副元帅”、耿仲明为总兵官。于是，整顿兵马，攻城略地，反明的斗争浪潮席卷山东。
山东近京师，关系甚重，孔有德起兵反明，使朝廷十分惊慌，急令保定、天津、昌平诸镇兵马会剿。
正在各处官兵纷纷前往山东围剿叛军的时候，原东江总兵毛文龙的部下陈继盛以为毛文龙大帅平反的名义宣布起兵反明，与盘踞山东的孔有德部遥相呼应。这一来有如连锁反应一般，分散在辽东各岛各处的毛文龙旧部纷纷揭竿而起响应，很快，共计有三万余人纷纷哗变，他们在陈继盛的率领下乘坐战船来到登州，与孔有德的叛军汇合在一起，登时使人数达到五万余人。一时间声势大涨，平叛的官军继而连连遭到败北，这使得朝廷更加的手足无措。更有不少的大臣在朝堂上怒骂袁崇焕，要不是他逼走毛文龙，剥夺其官职，他手下的旧部岂能纷纷造反！而此时心急如焚的崇祯也对袁崇焕愈加的不满。
十一月初，户部右侍郎刘重庆、四川道御史王万象在朝堂上建议调战斗力顽强的山海关与宁远的辽兵来对付孔有德的“叛兵”。经朝廷重臣讨论，奏请崇祯批准。九日，崇祯下诏，封太监高起潜为监视关宁总监，并命他督率蓟辽督师袁崇焕派兵马前往山东镇压。
袁崇焕接旨后不敢怠慢，为了弥补自己的一时鲁莽所带来的麻烦，急令总兵官金国奇等携数万兵马前往山东镇压。
由于此次由京师赶来辽东的总监军正是高起潜，因此这个消息被第一时间送到三桂的手中。三桂经过一番合计后做出了决定，当即火速赶往山海关。
到达山海关之后，三桂立即求见了袁崇焕。当见到这位蓟辽督师后，三桂先按照礼数客气了一番，随后切入正题道：“标下听说毛文龙的旧部日前已纷纷反叛我大明，且如今全部汇聚在山东登州。而朝廷先前抽调的各地官军已一败再败，因此这才要督师派出辽东军前去参与平叛任务，不知督师是如何打算的？”
经过了上次双岛之行后，袁崇焕已经把三桂视为自己的心腹爱将。听了三桂的询问后眉头紧锁的答道：“此次毛文龙的旧部起兵叛明后，朝中有不少大臣议论纷纷，将他们反叛的原因归结在本督师的头上。这给了我很大的压力，正好接到高监军带来的旨意，要本督师派军前往山东平叛。这不我马上令总兵金国奇带领数万精锐赶去火速平乱么！”接着叹了口气，缓缓的道：“希望此次能够尽快顺利的将叛军剿灭，否则朝中的那些大臣对本督师的成见该更加的深了！”
三桂听了想了想，随后向袁崇焕恳请道：“督师，末将也想率队参加此次的平叛任务，希望您能够应允！”
袁崇焕诧异的望着三桂奇道：“怎么，你也要去？”
三桂点了点头，郑重的道：“末将练兵又已经一年多了，如今这一万多名新军无论是骑射、阵法以及单兵作战都已经基本达到末将所要求的标准，可是也不能一直这么闭门造驹啊！必须要和敌人面对面的血肉相博几次方能真正的成熟，日后到了沙场上也不会畏惧敌人。可如果此时就带他们却面对后金军这种凶悍残暴的敌人，他们肯定会吃亏，万一折损大批战士，不但可惜，而且还会在他们心中留藏下阴影，对日后长期和后金军作战不利！而此次正是个实战练兵的好机会，山东的那些叛军再怎么厉害也不会强过后金军吧！因此末将就想带他们到山东的战场上。一方面给他们一个实战的机会，另一方面还可以顺便检验一下他们的战斗力如何。”顿了顿又上前一步续道：“再者说还可帮督师您更加迅速的剿灭叛军。我这一万多新军虽是第一次上战场，可就算战斗力再不济，也总会对平叛有些帮助吧！督师您认为如何？”
“嗯，你说的有理！”袁崇焕闻言点头赞许道：“可惜金国奇总兵今日一早已经率军出发，你就不能和他同道而行了。只好自己单独率军前去，你看这样可行么？”
“就算金总兵还未走末将也不能与他同行。”三桂略带神秘的道：“末将一方面还要火速赶回召集队伍，另一方面末将所率乃是清一色的骑兵，机动能力尤其出色。到了战场上只能作为一支奇兵来用，因此末将不想让其他任何人知道此次参与平叛的事。否则传扬出去，就不能称之为奇兵了。”
袁崇焕见三桂说的甚有道理，当下赞同了他的提议，同意他可不事先奏明金国奇总兵而单独行动。三桂见袁督师点头同意，当下也不再耽搁，急忙辞行返回自己的军营准备平叛事宜。58xs8.com