战争的胜利，让万历皇帝和张巨正长长的送了一口气，他们知道新政权稳当了，已经度过最危险的时期，于是就把视线转到之理朝政上。
张居正自知他虽然浸淫官场25年，但与前几任首辅比起来，资历尚浅，无法相比，如何才能让人乐于为他效力？这可不是说说就能办到的，也不是行政命令所能做到的。.纵观明代的历史，凡能够领袖百官者，基本都有长期身居高位的资历，位高权重，很早就拉起自己的一套人马体系。严嵩做了7年的礼部尚书，又做了6年大学士才升任首辅。.徐阶做了3年礼部尚书，后又做了10年大学士才得以扶正。张居正根本没法跟他们相比，虽然也做过6年大学士，但入阁前只有礼部侍郎的虚衔，从来没担任过院部堂官，是由翰林院直升上来的。
这种处境，用官场流行语来说，叫“下面没人”。.平时倒是没甚么问题，下面的可以不算人。但到了当首辅的时候，在指挥不动的时侯，才能感觉到下面的小罗卜头不仅是人，而且很难摆弄，必须认真对待。只有采取清理的办法，打一批，拉一批，目标控制得很精准才行。.
高拱身居内阁又兼任吏部尚书，在台上时自己的班底已经建得差不多。他倒台后，给张居正留下的是一个需要认真对付的文官队伍，这是一股很大的政治力量，不得不重视加以认真对待。
官员里永远有靠上窜下跳进谗言吃饭的家伙，其哲学概念就是“做糖不甜做醋酸”，建设性的事情做不来，毁人的事很拿手。.高拱的门生韩楫就是一个。基本可以证明，高、张交恶，韩楫没少“做醋”。对这类人，张居正称之为“害政者”。.“害政者”总是笑脸朝着有权势的人，屁股朝着没权势的人。高拱看到的都是可爱的笑脸，而张居正恰恰有幸看到了许多人的屁股。他说：“你们要换成笑脸也来不及了！‘二三子以言乱政，实朝廷纪纲所系，’所谓‘芝兰当道，不得不锄’者。.我就是要拔了你们这些仙人掌！”
就在这时，他不失时机地开始清理门户。隆庆六年六月，对南北两京四品以上官员进行考察。七月，对所有京官进行考察，因为锁定了目标，就不是泛泛的开大尾巴会、表言不由衷的态。.两次大扫除，共斥退吏部员外郎穆文熙等30余人，并将吏部给事中韩楫等50余人调离京城。之后，从庶吉士中补充了一些人进来，重建了言官队伍。后来又贬斥了一批尚书、巡抚级别的高官。可以说这是一次很彻底的大清洗，时人说：“一榜所黜皆高党！”
干掉了一批，就要选拔一批上来，不能不像样子，总要和“高党”比一比。.安排内阁与各部首长也是一门艺术。如何医治政变留下的创伤，只有把有声望的人安排上来。
内阁里，次辅大臣高仪已经死了，张居正不能“独相”。. 张居正选了礼部尚书吕调阳为次辅。吕调阳是个忠厚长者，选他入阁是动了点儿脑筋的。在这个平台上，不能允许有潜在的对手，哪怕现在还很弱小。夏言、严嵩、徐阶都各自有教训。他把别人拱翻，现在就要防止悲剧在自己身上发生。
吏部尚书由张瀚来担任，礼部尚书空缺由陆树声补上；兵部调来抗倭名将谭纶；户部用了王国光；刑部用了王之诰；工部朱衡与左都御史葛礼光留任。这些人都是素有清望的大臣。其中王之诰是张居正的亲家，但从不依附，颇得舆论欣赏。有这样一套班子，可谓声威赫赫，基本可以服众。
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