成吉思汗建国后，分蒙古民四千户属察合台；后分授诸子封地，察合台得到从畏兀儿境一直延伸至河中的草原地区，这一带的城郭地区则由大汗直接派官管辖。察合台的大帐设在阿力麻里附近的虎牙思。他在窝阔台在位时期，曾企图排挤大汗在河中城郭地区的势力，遭到窝阔台制止。1241年，察合台卒，次子抹土干之子合剌旭烈继立。1246年，贵由即大汗位后，因与察合台第五子也速蒙哥友善，借口不当舍子传孙，废合剌旭烈，改立也速蒙哥为察合台汗国之汗。贵由去世后，也速蒙哥与窝阔台系诸王一起反对选立蒙哥为大汗，拒不参加选汗的大聚会。蒙哥即位后，命拥护他的合剌旭烈回国复位。合剌旭烈在途中病逝，其妻兀鲁忽乃回至阿力麻里，杀也速蒙哥，自任监国。1260年，元世祖忽必烈即位后，为控制中亚，派跟随他的察合台曾孙阿必失哈回汗国夺取权力，途中被阿里不哥的军队俘获。阿里不哥另派察合台孙阿鲁忽去阿力麻里统治汗国。这时，由于忽必烈与阿里不哥的汗位之争，大蒙古国已陷于分裂状态。阿鲁忽从兀鲁忽乃手里夺取了汗国的权力，并控制了原由大汗直辖的中亚城郭地区，于是不再听命于阿里不哥，拘杀他派来征取钱粮兵械的使者，转而承认忽必烈为大汗。忽必烈将按台山（阿尔泰山）至阿母河间之地划归阿鲁忽统辖。阿里不哥亲率大军往攻阿鲁忽，大掠阿力麻里等地，阿鲁忽避居斡端（又译忽炭，今新疆和田）。其后双方约和，阿鲁忽娶兀鲁忽乃为妻，稳定了统治地位。1265年阿鲁忽卒，兀鲁忽乃未得大汗忽必烈允许，立己子木八剌沙为汗。忽必烈遣抹土干之孙八剌持诏回国继承汗位。八剌回国后，先不出示诏书，伪装拥护木八剌沙，逐步夺取了汗国的兵权，然后废掉他，自立为汗。不久，八剌即背叛大汗，夺取了大汗属地斡端，同时又因争夺中亚城郭地区与海都发生战争，遭到失败。1269年，八剌与海都在答剌速河畔举行大聚会，划分了各自在中亚的势力范围。其后八剌借口份地不足，渡阿母河攻入呼罗珊，但被伊利汗阿八哈击退，1271年卒。于是斡端等地复归元朝所有。八剌之子笃哇在海都的支持下即位，从此察合台汗国即被海都所控制。笃哇追随海都，与忽必烈为敌，不断侵扰元朝边境，攻掠畏兀儿地区。1298年，笃哇又袭击驻守于金山一线的元朝军队，俘杀守将、汪古部首领阔里吉思。1301年，随同海都与元朝军队大战于帖坚古山（阿尔泰山与扎卜哈河之间），笃哇中矢受伤，海都亦受伤致死，他的势力从而大大削弱。笃哇与海都之子察八儿被迫向元成宗铁穆耳请和，重新承认元朝皇帝的宗主地位。不久，笃哇与元朝联兵击败察八儿，吞并了大部分窝阔台汗国领地。1306年笃哇卒，其子宽■继立，继续实行与元朝友好的政策。1308年，元朝使臣至撒麻耳干，当地万户向元廷进呈了成吉思汗时代所■造的户口青册。宽■死后，汗位为抹土干之孙塔里忽所得，笃哇诸子举兵反对，国内大乱，察八儿趁机谋图复国，笃哇子怯别杀答里忽，并击败察八儿等，召集忽里台，立其兄也先不花为汗。也先不花为扩大牧场，率军入寇元朝，被元军击败。为了弥补损失，又入侵伊利汗国，元军趁机再度深入中亚草原，他才被迫从呼罗珊撤兵。1320年，也先不花死，怯别立，1323年，与元朝恢复友好，此后双方经常遣使往来。怯别统治时期，察合台汗国统治中心逐渐西移。怯别在那黑沙不附近筑一城，名合儿昔（qar■i，意为宫殿），为可汗居地。1326年，怯别死，其子燕只吉台继立，元朝政府遣木华黎五世孙乃蛮台赴其地“送太宗皇帝旧铸皇兄之宝”。1330年，怯别弟笃来帖木儿继承汗位。同年，元政府颁布《经世大典》，其中附图称察合台汗国为笃来帖木儿位下，与金帐汗国、伊利汗国相并列。
1331年，怯别之弟答儿麻失里继汗位，他改变以前可汗每年到东境视事的旧例，长期留居汗国西部。在位期间，他下令摒弃佛教，皈依伊斯兰教。1334年，笃来帖木儿之子不赞起兵争位，答儿麻失里战败，被擒杀。不赞改变了答儿麻失里推崇伊斯兰教的政策，优容基督教、犹太教。不赞在位仅数月，同年即为笃哇之孙敞失取代。敞失常驻阿力麻里，因此阿力麻里恢复了它的重要地位，成为察合台汗国东部最重要的城市，罗马教廷派出许多传教士到此传教。不久，敞失被谋杀，其弟也孙帖木儿继立。近代吐鲁番出土的畏兀儿语文书表明，从也先不花到也孙帖木儿，察合台汗国东西部一直维持着统一。后来窝阔台后王阿里算端篡夺了也孙帖木儿的汗位，阿里算端信奉伊斯兰教，故阿■力麻里的伊斯兰势力得到很大发展。1340年，该城发生了许多欧洲传教士被杀事件。阿里算端之后，宽■之孙麻哈没的统治了察合台汗国。不久，察合台后王牙撒兀儿之子合赞又取代了麻哈没的汗，称合赞算端汗。1346年，合赞算端在与大臣合扎罕的战争中被杀，此后继立的察合台汗成为诸侯的附庸，各部也竞相选立傀儡可汗，使察合台汗国陷于分裂。合扎罕控制了汗国西部，立窝阔台后王答失蛮为汗；1349年，又废杀答失蛮汗，立笃哇之孙拜延忽里为汗。合扎罕死后，其子乌巴都剌杀死拜延忽里汗，立也孙铁木尔之子铁穆耳沙。控制今南疆地区的秃忽剌氏贵族卜剌只宣布秃忽鲁帖木儿是也先不花之子，并于1348年立为汗。秃忽鲁帖木儿在札马剌丁长老的说服下信奉了伊斯兰教，并逐步控制了汗国东部。1360年以后，他两度率领大军入侵河中，并留其子亦里牙思火者驻兵其地，使东察合台汗国、西察合台汗国得到短暂的统一。1362年，乔忽鲁帖木儿死。这时，西部诸侯乌巴都剌之侄迷里忽辛与巴鲁剌氏贵族帖木儿将亦里牙思火者的军队逐出河中，并立麻哈没的汗之子阿的勒算端为可汗。此后，帖木儿的势力迅速发展起来，他击败自己的同盟者迷里忽辛，废杀阿的勒算端汗，另立燕只吉台之子合不勒为汗，并陆续兼并各部诸侯，自称算端，不断向外扩张，西察合台汗国于是演变为帖木儿帝国。秃忽鲁帖木儿的后裔仍保有东察合台汗国的汗位，明初，其孙居别失八里。永乐十六年（1418年），可汗歪思西迁亦力把里（今新疆伊宁），明朝史籍即以此城名其国。58xs8.com