玄奘与兄长先是来到了长安庄严寺，向名僧道基求教。道基对玄奘的聪慧非常嘉许，感叹地说：“我曾经游历过不少地方，却从来没有见过如此聪明的少年。”当时唐高祖李渊刚刚称帝，长安的一切也是百废待兴。玄奘兄弟又跟随道基一道前往蜀地成都。成都因为未受战乱影响，高僧云集。正是在这里，玄奘通过数年的钻研努力，学业大进，于武德三年（620年）受了具足戒，正式取得僧伽的资格。
尽管玄奘在蜀地名声大震，但他并不满足，决定要追求更高的目标，到全国各地去学习佛法。当时尽管唐朝已经立国，但天下尚未完全统一，各地不断有割据势力反唐，不少地区仍然是兵荒马乱。长捷担心弟弟的人身安全，一再劝阻玄奘。但玄奘决心已下，毅然辞别兄长，沿长江东下，先后在荆州（今湖北江陵）、赵州（今河北赵县）、相州（今河南安阳）等地遍访名师，广涉佛经。因为他勤奋好学，智力超群，过目不忘，所到之处均声名远播。武德九年（625年）年初，玄奘第二次来到长安，此时的长安已经与他上一次到来时大不相同。
此时，开国皇帝唐高祖正在考虑对佛教采取抑制政策，这其中有着极为深刻的历史背景。自汉代儒学成为正统意识形态后，尽管历朝历代有一些帝王出于喜好或目的，袒护佛教或道教，但却没人敢彻底废除儒学。这是因为儒学强调等级之别，要求上下尊卑，井然有序，各安其位，不得僭越；强调忠孝，要求臣忠于君，子孝于父，臣子绝对服从君父。这些要点有利于加强皇权统治，因此成为维护封建统治秩序的根本所在，而佛教和道教恰好都不同时具备这些要点。
由于隋朝对佛教的大力扶持，仅隋文帝在位期间剃度僧人数目多达二十三万，导致佛教再度成为一股不容忽视的强大社会力量。前面提过的隋大业六年（610年）的“建国门起事”，便是由弥勒信徒发起。后来陕西凤翔沙门向海明聚众数万人，河北唐县宋子贤拥众千余家，均是用“mile出世”来号召民众，发动武装暴动。由此可见，佛教徒已经成为不容忽视的势力。就连唐王朝平定天下时，也必须要借助沙门的力量——唐武德三年（620年），李世民率军围击割据洛阳的王世充，联合了少林寺武僧，由此演变出著名的“十三棍僧救唐王”的故事。天下统一后，以何种态度对待佛教便成为帝国皇帝不容回避的问题。
武德四年（621年），太史令傅奕（还俗的道士）上表唐高祖，指责佛教“剥削民财，割截国贮”，“军民逃役，剃发隐中；不事二亲，专行十恶”，认为佛教蛊惑人心、盘剥民财、消耗国库，请求朝廷采取措施，减少僧尼数量，“令逃课之党，普乐输租；避役之曹，恒忻效力”。傅奕有扶道抑佛的出发点，但他也讲出了当时的实际情况：佛教寺院广占土地、隐匿人口、聚敛财物，直接与国家争夺土地和劳动人手，确实严重影响了国家的财政收入。然而，对皇帝而言，需要权衡的还有更多。佛教在中国已经流行传播了六百年左右，势力强大，更为可虑。唐高祖颇为犹豫，认为公然采取措施打击佛教或扶植佛教，在当时都不合适，便征询太子李建成的意见，李建成与佛教界代表人物法琳交往密切，竭力为佛教辩护。法琳以护法者自居，也多次来到殿堂，为佛教申辩。唐高祖一时不能决定，便将傅奕上表暂时搁置。
武德七年（624年），傅奕再次上疏，这次言辞更加激烈，说：“佛在西域，言妖路远；汉译胡书，恣其假托。故使不忠不孝，削发而揖君亲：游手游食：易服以逃租赋。演其妖书，述其邪法，伪启三涂，谬张六道，恐吓愚夫，诈欺庸品。”他前后七次上疏，坚决请求罢除佛教。
而产生于中国本土的道教，也借此机会展开对佛教的抨击，由此掀起了唐初引人瞩目的佛道之争。清虚观道士李仲卿著《十异九迷论》，刘进喜著《显正论》，托傅奕转奏唐高祖。法琳则著《辩正论》，以“十喻九箴”对道教进行回击。佛道之争激日益烈化，事情进入白热化状态。
这场发生在唐初时期的道教与佛教之间的大辩论，主要是从两教的教义立论。两方均是为了争得唐高祖的支持，极力为自己巧言辩饰，对对方进行夸大其词的攻击。唐高祖见事情闹大了，不得不出面调停，搞了个在中国历史上非常有名的三教论坛：即将儒、释、道三教的代表人物召集在一起，请国士徐匡讲孝经、僧人慧诚讲心经、道士刘进喜讲老子，由陆明德评析三人阐述的优劣得失。但这不过是形势上的文章，最终没有任何结果。
唐高祖将傅奕上疏交给群臣讨论，大多数大臣均偏袒佛教，尚书右仆射萧瑀（唐太宗凌烟阁二十四位功臣之一，排在名将李靖之后）更是挺身而出，当面与傅奕争论，只有太仆卿张道源一人支持傅奕。但唐高祖本人很认可傅奕的观点，尤其对沙门道士逃避赋役深恶痛绝。武德九年（626年）四月，唐高祖经过长时间的犹豫不定后，最终决定对佛教加以抑制，同时被抑制的还有道教，下诏沙汰（淘汰、整顿意，指强令部分僧尼还俗）全国的僧、尼、道士、女冠，修炼精深的僧道，可迁到大寺观，供给衣食，而其它的则强令还俗，返归故里；京城保留佛寺三所，僧人千余，道观二所，各州各留一所，其余均废除。
唐高祖还有意偏护道教，以抬高李姓的地位。唐朝李氏虽然出身陇西贵族，但并非望族。为了抬高出身门第，唐高祖决定攀附道教始祖李耳（即老子）作祖先，以此增强从隋朝手中夺取天下的合法性，特意下诏叙三教（指儒学、佛教、道教，文中合称为三教，只是沿用一般说法，方便称述，称儒学为儒教并非认为其就是宗教）先后：“老教、孔教，此土之基；释教后兴，宜崇客礼。今可老先，次孔，末后释宗。”（《集古今佛道论衡》）并多次幸终南山老子庙，以实际行动来表示对道教的支持。这样，虽然依旧是三教共存，佛教却被刻意排在了三教中的最末位。于是，这场发生在唐初的佛道之争，由于皇权的介入，最终以佛教落了下风而告终。
玄奘便是在唐高祖“抑佛”的大背景下再一次来到了长安。在唐高祖下令大规模废除佛寺之前，他首先来到大觉寺，跟随名僧道岳学习《俱舍论》。他非凡的才华很快引起了一个人的特别注意，这就是前面提过的坚决支持佛教的尚书右仆射萧瑀。
萧瑀，字时文，其祖父为后梁宣帝萧察，其姐为隋炀帝皇后。唐高祖即位后，招萧瑀到长安，授光禄大夫，封宋国公，拜民部尚书，以心腹视之。
萧瑀善学能书，深精佛理，对玄奘的才华十分钦佩，当唐高祖下令裁减寺庙、抑制佛教后，他特意向唐高祖举荐玄奘，建议将其迁到大寺观庄严寺，但还没有来得及成行，便爆发了震惊朝野的“玄武门之变”。
唐朝能够得天下，唐高祖次子秦王李世民功不可没，因此唐高祖称帝后，封其为天策上将，位在诸王公之上。李世民由此建立天策府，并自己设置官属，房玄龄、杜如晦、长孙无忌（李世民内兄）、虞世南、张亮、阎立本、高士廉（李世民舅）、张公谨、侯君集、尉迟恭（字敬德）、秦琼、程知节（原名程咬金）、段志玄等名重一时的文臣武将均是他的幕僚。
李世民有如此声势，自然引起了太子李建成和齐王李元吉的忌恨，尤其是太子李建成，感受到深重的危机和威胁。太子与秦王积怨益深，势同水火，秦王府僚们人人自危。房玄龄与长孙无忌力劝李世民铲除太子一党，但李世民迟迟不能下决心。
武德九年（626年）夏，朝廷突然盛传突厥将要入侵，太子李建成为了避免李世民重掌兵权，推荐由齐王李元吉领兵出征。李元吉趁机请求让尉迟恭、程知节、秦琼、段志玄随行，并挑选李世民手下的精兵充实军队，想借机夺去李世民属下的兵将。李建成和李元吉还密谋，等到饯行之日，便在昆明池设宴，乘机刺杀李世民。不料太子宫中的率更丞王晊将这一计划泄漏给李世民。李世民将太子的阴谋告诉了唐高祖。唐高祖难以相信，只说：“明天上朝时我要问问他们。”然而，此时的李世民已经下定了决心要杀掉李建成、李元吉。
第二天一早，李世民先下手为强，率领亲信埋伏在入朝的必经之地玄武门（宫城北门）。当时，唐高祖与李世民的谈话内容已经被唐高祖妃张婕妤密告太子李建成。李建成与李元吉商议对策，李元吉认为应该赶紧布置军队，装病不朝，以观形势。但李建成妄自尊大，认为一切都已经布置妥当，只要入朝打探完消息，便可置李世民于死地。于是，李建成与李元吉一同入宫，由玄武门入宫。来到临湖殿时，兄弟二人发现情况不对，立即打马东奔，逃往太子宫。李世民在后面一箭射死了李建成。尉迟恭则一箭将李元吉射死。
这时，唐高祖正在太极宫中的海池里泛舟嬉戏，根本不知道外面正在发生兄弟手足相残的人间惨剧。突然，李世民的亲信尉迟恭全副武装地入见（按照惯例，这已经是杀头的大罪）。唐高祖见尉迟恭手握兵器，来势汹汹，大惊问道：“今日乱者谁耶？卿来此何为？”尉迟恭说：“秦王以太子、齐王作乱，举兵诛之，恐惊动陛下，遣臣宿卫。”当时名臣萧瑀、裴寂、陈叔达等人均在场。唐高祖十分惶恐，便问裴寂等人：“不图今日乃见此事，当如之何？”萧瑀、陈叔达出面圆场说：“建成、元吉本不预义谋，又无功于天下，疾秦王功高望重，共为奸谋。今秦王已讨而诛之，秦王功高宇宙，率土归心，陛下若处以元良，委之国事，无复事矣！”（《资治通鉴·卷一百九十一》）唐高祖见一旁的尉迟恭手按剑柄，咄咄逼人，大有一言不合便要动手的架势，只得勉强表示同意，并下达“诸军并受秦王处分”的手令，才算平息了这场事变。
唐高祖又召见李世民安抚。李世民跪在地上，吮吸唐高祖趾头，恸哭许久。即使有做作的一面，但也显示他心中着实难安，这种不安也保持了终生，所以才有后来他临死前向玄奘询问因果报应一事。唐高祖顺水推舟立李世民为皇太子，并且下诏：“自今军国庶事，无大小悉委太子处决，然后闻奏。”到了八月，便正式传位于太子，以太上皇的身份徙居大安宫，不再预闻国事。
武德九年（626年）八月，李世民在东宫显德殿即位，时年二十八岁，这就是中国历史上著名的唐太宗。唐太宗即位后，宣布大赦天下，并废除了唐高祖的抑佛措施，佛教因此又恢复了旧观。但这并不意味着唐太宗积极向佛，而是因为他急于巩固自己的权力和地位，不愿意因为抑制佛教而带来动荡和不安，因为当时除了官僚阶层外，最有势力的集团就是佛教僧徒。
当初李世民为亲王时，太子、齐王经常进谗言，萧瑀则在唐高祖面前为秦王鸣不平。唐太宗即位后，感激往事，迁已经是拜尚书右仆射萧瑀为尚书左仆射（与汉代尊右不同，唐制以左为尊）。刚好此时庄严寺慧固法师病逝，萧瑀就在这个时候向唐太宗提起了玄奘，这应该是唐太宗第一次听到玄奘的名字。萧瑀强调了玄奘的才华，奏请唐太宗让玄奘主持庄严寺，事见《续高僧传·卷四》。史籍中没有记载唐太宗的反应，但推断起来，他应该并没有因此留意到玄奘，至少没有特别在意这件事，因为他此时对佛教完全没有兴趣，更不要说是一名僧人了。
庄严寺是当时长安有名的大寺庙，能做大寺庙的住持，是多少僧人梦寐以求的理想。玄奘年纪青青，已经得到住持的提名，可见他才名的已经誉满京华。然而，事出意外，玄奘竟然拒绝了萧瑀做庄严寺住持的推荐，但于贞观元年（627年）春移住庄严寺，在长安安定下来。显然，他没有忘记剃度时许下的志向——“远绍如来，近光遗法”——他还有更高更远的目标。
这一年，玄奘二十八岁，之前的二十七年，九年在家乡度过，九年在洛阳净土寺度过，其它九年则在四方游历求学中度过。住进庄严寺后，玄奘跟随名僧法常和僧辩学习《摄大乘论》。二僧是当时公认的佛学权威，被称为“二大德”，均对玄奘赞不绝口，称他为“释门千里之驹”。自此，通晓各家之说的玄开始远近驰名。
盛名之下的玄奘却没有丝毫喜悦，他很严肃地告诉萧瑀说：“我周游各地，为的是学习佛法。现在流行的佛法，我已经蕴藏胸中。但我国法师所讲的义理，常常因为派别纷争而各抒己见，对佛法的传播十分不利。我很想到西方阅读原始的佛教经典，然后再回到中土传播，这样才能振兴佛法。为此，我已经准备将生死置之度外，誓死求得正法。”这是玄奘将要到印度取经想法的最初流露。
南北朝以来，由于佛教译经浩繁，种类杂多，致使歧义纷出，师说林立。尽管玄奘已经深研国内主要经典，遍访名师，但对佛家经典依然“莫知适从”。当他听说印度有很多原始佛经后，便决心西游，“以问所惑，并取《十七地论》，以释众疑”。为了准备西行，玄奘积极向在长安的番僧学习梵文，还有意进行各种身体锻炼，以应付即将到来的艰辛旅途。
唐太宗的名字“世民”为“济世安民”之意，此时，他通过“大义灭亲”的手段新即帝位，地位尚不稳固，一切的一切都需要时间来处理。作为中国历史上最富盛名的帝王，他有着广阔的胸襟和不凡的气度，最初却在处理佛教和僧人西行求法问题上极为保守，由此成为玄奘西行求法的最大拦路虎。也正因为如此，才有了后来玄奘的种种历险，才有了那本惊世传奇——《西游记》。58xs8.com