就在刘?做好一切安排后不久，杨应龙二子领兵果然杀气冲冲而至，就在夜晚行军之时，忽然四面通亮，官军伏兵尽起，贼兵见状恍然大悟，但为时已晚，刘?一勇当先，率部下转战无数，斩贼兵尸首数百，追杀五十里方才罢止。贼兵见官军气势犹甚，不得已，遂聚众退守石虎关，刘?见贼兵退去，也下令大军掘沟修壕，加强防事。
过几日，刘?以赏罚做为诱饵，再次激励官兵奋战，一举攻破石虎关，接着大军直抵娄山关。娄山关万峰齐天，竹林漫山，丛林遍野，倒是一副打仗的好场面，贼兵在此设木关十三座，到处布满栅栏机关，可谓百险俱备，只待官兵。
刘?先派出探哨探路，后将大兵分为左右二路前进，自留后督大军攻城，再次使出赏罚利诱，于是官军气势如虹，奋然搏命，经过一场血肉横飞的较量，最终夺取娄山关。刘?乘势率兵追至永安庄。就在此时，安疆臣、陈?也领兵赶至，后与刘?之兵会和。
刘?自以老将持重，考虑到贼兵可能会用各个击破发来冲击，遂下令大家联营，将娄山关做为大本营（后营），白石口为腰营（中营），自己带领大兵据永安庄为前营。这时，忽有一名都指挥王芬，此人有勇无谋，每次战争总是毛遂自荐，甘为前锋，胜了几场小战，便开始沾沾自喜，遂便有了轻敌之心，居然独自扎营于松门垭，此地离大营数十里之远。
贼兵尚有乌江之胜，欲谋再夺娄山关，恰逢贼将穆照又暗下遣使泄露王芬孤军奋战状，于是在一个微风吹起的夜晚，贼兵出其不意，突然袭杀王芬大营，王芬猝不及防，被斩杀于营中，守备陈大刚，招讨使杨愈皆战死，死亡、失踪士卒加起来足有二千人。
刘?闻知贼兵偷袭，气得直捶胸脯，跺脚大骂，但对一个死人却能奈何；为了将损失挽回到最小，骂完之后这便急忙亲率骑兵前往救援，有部将周以德、周敦吉自两翼夹攻贼兵，贼兵见势不妙，遂大奔而逃，刘?领兵追杀至养马城放还。
过十来日，几路大军皆至，贼兵据海龙囤死守。又过几日，杨应龙见官兵大军压境，遂遣使诈降，李化龙檄文诸将，将贼兵遣使统统斩首，尽焚其书。又因刘?与杨应龙有旧交，万历皇帝遂下愈说：“我知你并无通贼，但请你也管好自己的兵，管好自己的“心”（良心）。
八路兵马聚集，皆会兵于海龙囤下，将海龙囤结实地围了一圈，几路兵马轮番进攻。到了六月，刘?竟然率兵攻破土、月二城，应龙?困至极，见大势已去，遂与二妾一起自缢了事，次日清晨，官军攻入城内，有应龙七子皆被擒获。至此，霍乱已久的播州之叛，终被平定。自出师至灭贼，足足一百四十日有余。
京师，万历皇帝闻播州之乱平定，遂大悦，下诏将杨应龙尸首拖至京师，并其子朝栋一起磔铺于市，播州自唐中期以来入杨氏，经历二十九世，八百余年，至杨应龙这里方绝，其属地遵义、平越二府，后分属川、贵二省。
万历二十九年（1601）正月，以播州大平，犒劳将士，万历皇帝遂昭告天下，加税于四川、湖广、贵州、云南等地，十月，立皇长子朱常洛为皇太子，封其余诸子常洵为福王，常浩瑞王，常润惠王，常瀛桂王，大赦天下。
说起这立太子之事，也算让万历皇帝着实头疼了几回，本自古以来，历朝历代储备国君，都是以立长不立幼作为宗旨，当然万历皇帝也不例外，但因长子朱常洛是其在宫中与宫女风流后所生，故而地位卑下，万历皇帝也不喜欢。喜不喜欢无所为，但关键人家是老大儿子，没办法，都怪这该死的制度。又因皇后并无生子，万历皇帝又特别宠爱身边的郑贵妃，后郑贵妃生下一子，就是福王常洵，后万历皇帝欲立他为太子，但大臣们及太后皆反对。于是诸位持久不定，大臣们则交章奏请，然万历皇帝却始终未予答复，到了二十九年，迫于来自太后、皇后以及大臣们的压力，这才立长子为皇太子。
然而，到了万历三十一年（1603），万历皇帝不知从何处得到一份妖书，书中说皇帝欲易太子，矛头直指郑贵妃，万历皇帝闻知大怒，遂逮捕诛杀者甚众，最后捉住了一个叫?生光穷秀才，万历皇帝为了匆匆了事，遂将此人磔铺于市，后此事方才平息。但到了万历四十一年六月（1613），此事居然死灰复燃，有京师锦衣卫百户王曰乾与孔学、赵宗舜、赵思圣等人互相奸告，随后王曰乾竟然还潜入皇城，在城垛上放炮上疏，以达到宣传效益。
刑部官员大惊，遂将其捉住欲定死罪，在审问这位大侠时，他却不慌不慢，娓娓道来说：“有郑贵妃内侍太监姜严山与孔学，还有妖人王三诏暗下使用巫术，欲咒死皇太后及皇太子，想拥立福王，万历皇帝闻知此事震怒，在大殿绕了半日，急得团团乱转，却无计可施，遂对内侍太监说道：“如此大变事，宰相竟然无言语？<_38605.htmlbr/>
叶向高遂上奏道：“此事与往年妖书大致相同，然妖书作者总是匿名难寻，以我等之见，陛下还是安下心来，当静处理为是，不可张宣，否则中外必大扰也；次日，叶向高又上疏言道：“王曰乾之疏不宜宣发，若发则上惊动太后，下惊动皇后，贵妃、福王皆不安。万历皇帝遂尽用其言，于是太子、福王等人皆相安无事。
到了万历四十三年五月（1615），皇宫又闹出一桩大案，有蓟州男子张差竟然在光天化日之下，手执一根梃木闯入太子所居之宫（慈庆宫），见人就打，见人就骂，后在太子内侍韩本用等人的努力下，在前殿将其抓获。
张差即被关入大牢，但他却装疯卖傻，胡言乱语，但有刑部官员王之?认为事出蹊跷，觉得他不像疯癫之人，遂以酒肉饭菜引诱，张差却低着头轻轻吐出三个字：“不敢说。王之?见状遂令其余人退下，这便亲自审问一番。
在他缓缓利诱之下，张差这便也缓缓启开嘴唇说道：“小人是蓟州井儿峪人，本以砍柴、打猎为生，一个月前，在济州卖完货后，便直接上了赌坊，结果一输到底。就在我起身准备离开赌坊时，恰巧碰见一位宫里的太监，这位太监说可以带我赚钱，我听后狂喜，随后便跟着他进了京城，见到了另一位老太监，老太监每日供我酒肉，过了几日，他便带我进入紫禁城，随后交给我一根木棍，带我到了一个宫里，要我进宫后见人就打，尤其是见有穿黄袍之人便可往死里打，说是奸人，要把他打死为止，老太监说明，若打死此人，定会重重有赏，若被人捉住，他自会解救与我。
王之?看看他，语气温和地说道：“那这二人叫什么名字？张差先是一愣，继而一惊，“不用怕，你但说无妨，有我给你做主”王之?理直气壮说道；张差瞪大眼睛说道：“你说话当真？王之?缓缓点着头：“当真。
那好，我就说了，这二人好像叫什么庞保、刘成。王之?一听，立刻长大了嘴，呆了半响，庞保、刘成乃是郑贵妃手下内侍，王之?不敢私自做主，遂将案情奏报与太子，太子将案情又上报与父皇，那边郑贵妃得知此事，也惶惶不可终日，整日里以泪洗面，万历皇帝为了稳住大局，随后调和一番，暗谕太子也不可深究，这便互相了事，最后将张差以疯癫治罪，磔铺于市，后万中 文首发历皇帝又下令处死了庞保、刘成二人，至此全案便无从查起，成了一桩迷案“史称梃击案”
梃击案已过，太子的地位似乎更加牢固了，但还是有点一波三折，按理这郑贵妃之子朱常洵既然被分了藩王，按照明朝的制度，他老兄也该去地方就藩了，但他似乎有点当年朱高煦的意思，总想赖着不走，大有夺回太子之位之嫌疑，这时，又有母亲郑贵妃替他说话，言明年是太后七十大寿，各王宜留下庆贺，万历皇帝听得也在理，于是便下令内阁宣诏，欲留福王。
谁知，万历皇帝这一举动，早已激起了大臣们的猜疑，于是叶向高再次上奏道：“皇上哎，外面早已吵得沸沸扬扬，说陛下以假贺之名，而留福王，看来果真如此，你若信王曰乾妖书，朝纲必不端静，若让太后闻知，更不必说，况且有太后爱子潞王，也不是居住在外吗？事情闹到这种地步，你为何还要死死眷念福王不放呢？
万历皇帝思前想后一番，经过一段痛苦的挣扎，最终迫于不得已而从之，遂下令福王离开京师就藩。
父皇驾崩了，身边最大的威胁也走了，万历四十八年八月（1620）太子朱长洛终于继承了大统，上位后他便遵照父皇遗诏，发金百万犒赏边关将士，又下诏尽罢天下矿税。58xs8.com